| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,389,432 | T→C | 8.2% | intergenic (+83/‑237) | dld2 → / → PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,389,432 | 0 | T | C | 8.2% | 239.4 / 9.7 | 85 | intergenic (+83/‑237) | dld2/PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/41); new base C (4/3); total (41/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
GCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAAT > NC_002947/5389288‑5389577 | gCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCa < 2:906260/150‑1 (MQ=255) tCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCg < 2:173335‑M2/150‑2 (MQ=255) gACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCa < 2:1151536/150‑1 (MQ=255) ccACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGccac < 2:1110016/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGt < 2:1007407/131‑1 (MQ=255) ccTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGt > 1:1007407/1‑131 (MQ=255) gTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGGGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTc > 1:622203/1‑150 (MQ=255) ccTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCggg > 2:38047/1‑150 (MQ=255) tAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAAc < 1:173335/150‑1 (MQ=255) gACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg > 2:815829/1‑142 (MQ=255) gACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg < 1:815829/142‑1 (MQ=255) ccGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATGCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg > 1:871959/1‑140 (MQ=255) ccGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg < 2:871959/140‑1 (MQ=255) ccGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGc > 1:319838/1‑150 (MQ=255) gcgTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:415791/150‑1 (MQ=255) aCCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 1:191080/1‑149 (MQ=255) aCCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:191080/149‑1 (MQ=255) ccGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCACATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCa > 1:608730/1‑150 (MQ=255) ccGGACACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCa > 1:595657/1‑150 (MQ=255) 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ccTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGc < 1:841614/129‑1 (MQ=255) ccTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGc > 2:841614/1‑129 (MQ=255) ctctAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg < 2:106378/118‑1 (MQ=255) ctctAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg > 1:106378/1‑118 (MQ=255) aaCGCGTTGATATATGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCcaca > 2:381040/1‑150 (MQ=255) gcgTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACAt > 2:854865/1‑150 (MQ=255) gcgTTGATATAGGTGGGGAACGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTCTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACAt < 2:501432/150‑1 (MQ=255) gATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGCGCGTCCCTGCTGGCCAATCCCCCCCCACTGGCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtg < 1:871159/150‑1 (MQ=37) gATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtg < 2:544818/150‑1 (MQ=255) aGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGgtgt < 1:394507/150‑1 (MQ=255) ggTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTa < 2:366344/150‑1 (MQ=255) tGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTaca < 2:1040322/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCGTAGTAGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCTCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGccc < 2:29443/150‑1 (MQ=255) cgcTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGGGTACACAGCccg > 2:971019/1‑150 (MQ=255) tGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCccgccg > 1:1031198/1‑150 (MQ=255) tGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCccgccg > 1:506984/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgcg > 2:308412/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgcg > 1:1039824/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgcg > 1:767989/1‑150 (MQ=255) cgcgAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCgttgccgccaccaccgcattcgcgggtaaacccgctcctacggcgggctgtatccaactgtccaccaccgttgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggc > 1:81697‑M2/1‑46 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCaccacc > 1:593414/1‑57 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCaccacc < 2:593414/57‑1 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgc > 1:411170/1‑147 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgc < 2:411170/147‑1 (MQ=255) gagGCCTGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCGACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCg > 2:40590/1‑150 (MQ=255) gagGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCg < 2:1039824/150‑1 (MQ=255) agGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCgg < 2:622203/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggt < 2:842110/102‑1 (MQ=255) gCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggt > 1:842110/1‑102 (MQ=255) gCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgc < 1:771450/139‑1 (MQ=255) gCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCcgc > 2:771450/1‑139 (MQ=255) ccGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCaa > 2:79243/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACGTCGATATCTGTTTGCACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCg < 2:595657/150‑1 (MQ=37) ctgctgGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCgg < 1:267063/150‑1 (MQ=255) 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cAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATcc > 1:373966/1‑150 (MQ=255) aaTCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtgg > 1:981010/1‑88 (MQ=255) aaTCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtgg < 2:981010/88‑1 (MQ=255) ccacccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACtt < 2:506984/150‑1 (MQ=255) ccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAat < 2:1053631/150‑1 (MQ=255) | GCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAAT > NC_002947/5389288‑5389577 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |