| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,440,613 | G→A | 7.4% | T87T (ACC→ACT) | amn ← | AMP nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,440,613 | 0 | G | A | 7.4% | 156.8 / 2.9 | 54 | T87T (ACC→ACT) | amn | AMP nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/25); new base A (2/2); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
TGCCGCTACCGGCCAGCTCGTCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAGGTCGCGCTCATCGGTATCGGGCTCGGTACGGTC > NC_002947/5440465‑5440759 | tGCCGCTACCGGCCAGCTCGTCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTggg < 1:689324/150‑1 (MQ=255) gCCGCTACCGGCCAGCTCGTCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGcgt < 1:1204425/150‑1 (MQ=255) gCTACCGGCCAGCTCGTCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGggtgac > 1:1196920/1‑150 (MQ=255) tACCGGCCAGCTCGTCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGggtgacgg > 1:114557/1‑150 (MQ=255) ccGGCCAGCTCGTCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGggtgacggtg > 2:148189/1‑150 (MQ=255) cAGCTCGCCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGCAAGCATCTTGCTGGAG‑ATCTGGGTAGTCATGCACCAGCGGGCGCAGTTGCCCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCt < 1:875366/150‑1 (MQ=255) tcgtcgCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAg < 2:1196920/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCgg > 1:732694/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCgg < 2:732694/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGAGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCgg > 1:669546/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGAGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCgg > 1:669277/1‑150 (MQ=255) gTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAAc > 1:1013594/1‑150 (MQ=255) tCGACCACATAGAGGTAAGGGCTACTCTAATCGCTGAAGCAGAATT‑AAACAGGATCCGTATAGTCATGCAGCATCGGGCGCAGTTGCTCAACCAGGTAGCCACGGACCGCACCGGGCTGGGTGACGGTGACTCTGTAGGTTCCGGCAAcc < 2:264221/150‑1 (MQ=255) gACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTg > 2:1176884/1‑150 (MQ=255) aCCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGAGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTgg < 2:669546/150‑1 (MQ=255) aCCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGAGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTgg < 2:669277/150‑1 (MQ=255) aTAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGt < 1:151104/128‑1 (MQ=255) aTAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGt > 2:151104/1‑128 (MQ=255) gggTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCa < 1:1176884/150‑1 (MQ=255) gATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTg > 2:762985/1‑139 (MQ=255) gATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTg < 1:762985/139‑1 (MQ=255) tCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAgg > 1:306597/1‑136 (MQ=255) tCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAgg < 2:306597/136‑1 (MQ=255) tCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTggcg < 1:148189/150‑1 (MQ=255) ccGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCg > 2:582384/1‑150 (MQ=255) tt‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCTGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATg > 2:839710/1‑150 (MQ=255) aCCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTg < 1:582384/150‑1 (MQ=255) ccGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTgt > 1:1198163/1‑150 (MQ=255) cGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGt > 2:1082488/1‑90 (MQ=255) cGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGt < 1:1082488/90‑1 (MQ=255) cGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTg > 1:998112/1‑109 (MQ=255) cGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTg < 2:998112/109‑1 (MQ=255) ggTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATGGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGt < 2:1033109/150‑1 (MQ=255) tgtAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCa < 1:729228/150‑1 (MQ=255) tgtAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCa > 2:729228/1‑150 (MQ=255) aTGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCag > 1:1007062/1‑150 (MQ=255) tGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCaga < 1:488531/150‑1 (MQ=255) cATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGc > 2:8677/1‑93 (MQ=255) cATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGc < 1:8677/93‑1 (MQ=255) cATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGc > 1:895291/1‑150 (MQ=255) tCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATgg > 1:205262/1‑125 (MQ=255) tCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATgg < 2:205262/125‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCgg > 1:842070/1‑150 (MQ=255) gCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGt < 2:1007062/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGc > 2:884005/1‑87 (MQ=255) cGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGc < 1:884005/87‑1 (MQ=255) cGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCgggga > 2:647515/1‑148 (MQ=255) cAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGCAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGaa < 2:1013594/150‑1 (MQ=255) aGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGTATAGGCACGGgtggtg < 2:458874/96‑1 (MQ=255) aGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGTATAGGCACGGgtggtg > 1:458874/1‑96 (MQ=255) tGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAgg < 2:895291/150‑1 (MQ=255) cTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAGGTc > 1:898936/1‑150 (MQ=255) tCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAGGTcg > 1:1123132/1‑150 (MQ=255) aaGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCAt < 1:768256/104‑1 (MQ=255) aaGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCAt > 2:768256/1‑104 (MQ=255) ggTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAGGTCGCGCTCAt < 2:1198163/150‑1 (MQ=255) ccACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAGGTCGCGCTCATCGGTa > 1:1000407/1‑150 (MQ=255) cACGGAACGCAGCGGGCTGGGTTACGGTGACGTTGCAGGTGCGGGCAACCTGGACCTTGGCATGGGCACGGGTGGGGGCGGCGACTTCGCCATGGCGGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGGGAAGATCGGGCTCAACGGTaa > 1:125387/1‑149 (MQ=255) cTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAGGTCGCGCTCATCGGTATCGGGCTCGGTACGGTc < 2:192141/150‑1 (MQ=255) | TGCCGCTACCGGCCAGCTCGTCGCCCTGGTCGACCACATAGGGGTAAGGGATATTCTGCTCGCTGACGCCGACTT‑CTACCGTAACGGTGTAGTCATGCATCAGCGGGCGCAGTTGCTCAAGCAGGTAGCCACGGAACGCAGCGGGCTGGGTGACGGTGACGCTGTAGGTGCCGGCAACCTGGACCTTGGCATAGGCACGGGTGGTGGCGGCGACTTCGCCATGGCTGTAGTAGGTCAGGCGCAGAGCCGGGTAGCGGAACAGGTCGCGCTCATCGGTATCGGGCTCGGTACGGTC > NC_002947/5440465‑5440759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |