Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,602,473 | G→T | 9.3% | L354M (CTG→ATG) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,602,473 | 0 | G | T | 9.3% | 131.4 / 2.4 | 43 | L354M (CTG→ATG) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/19); new base T (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
AGCTGGCTGACGTTGCTCACCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCATCACGATAGAACTGAGCCAGATGC > NC_002947/5602337‑5602621 | aGCTGGCTGACGTTGCTCACCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTg < 1:154322/150‑1 (MQ=255) ctggctgACGTTGCTCACCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGcc > 2:770359/1‑150 (MQ=255) tgACGTTGCTCACCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGa < 1:1015431/150‑1 (MQ=255) tgACGTTGCTCACCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGa < 1:987962/150‑1 (MQ=255) gTTGCTCACCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTc < 1:770359/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAag > 2:520422/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCCAGTGCTGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAag > 1:615962/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGCAAGCCGGTATGCCCAACCGCTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTGCTCGATAACCGTCCGACCAACGCCCTTGCCGCTAAGGTCGAGCAag > 2:348551/1‑150 (MQ=255) cGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGt < 1:520422/150‑1 (MQ=255) aCCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGAc < 2:725765/110‑1 (MQ=255) aCCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGAc > 1:725765/1‑110 (MQ=255) ccGTTGTCATGCGCCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACa > 2:1018517/1‑150 (MQ=255) ttGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAAc > 1:692741/1‑150 (MQ=255) tCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACgtg < 2:227135/150‑1 (MQ=255) tGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAg > 2:710139/1‑125 (MQ=255) tGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAg < 1:710139/125‑1 (MQ=255) cACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAg > 1:763821/1‑123 (MQ=255) cACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAg < 2:763821/123‑1 (MQ=255) ccAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAAc < 1:770423/140‑1 (MQ=255) ccAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGCTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAAc > 2:770423/1‑140 (MQ=255) cGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGccc < 2:71641/95‑1 (MQ=255) cGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGccc > 1:71641/1‑95 (MQ=255) tGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGtt < 2:567552/150‑1 (MQ=255) gTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACg > 1:1102760/1‑150 (MQ=255) tGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAAt > 1:982511/1‑150 (MQ=255) gTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATc < 1:881121/150‑1 (MQ=255) tatcgatatcgaACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCg < 2:66403/150‑1 (MQ=255) atatcgaACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCATACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg > 2:519778/1‑146 (MQ=255) atatcgaACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCATACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg > 2:519793/1‑146 (MQ=255) atatcgaACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCATACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg < 1:519778/146‑1 (MQ=255) atatcgaACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCATACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg < 1:519793/146‑1 (MQ=255) ttCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCa < 2:626993/142‑1 (MQ=255) ttCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCa > 1:626993/1‑142 (MQ=255) ctggATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGgtt > 1:1204385/4‑128 (MQ=255) cTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGgtt < 2:1204385/128‑1 (MQ=255) ccGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCATCACGATAGAACTGAGCCa > 2:548240/1‑150 (MQ=255) cGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg < 2:93873/117‑1 (MQ=255) cGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg > 1:93873/1‑117 (MQ=255) gTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg < 2:1106343/116‑1 (MQ=255) gTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCgg > 1:1106343/1‑116 (MQ=255) gTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCATCACGATAGAACTGAGCCAGa > 2:852992/1‑150 (MQ=255) tCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCATCACGATAGAACTGAGCCAGAt < 1:548240/150‑1 (MQ=255) aGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCATCACGATAGAACTGAGCCAGATGc > 1:1042607/1‑150 (MQ=255) | AGCTGGCTGACGTTGCTCACCTGGCCGGTACCGTTGTCATGCACCAGCATGCCGGTCAGCCGGTCTGCCCAGCCGGTGCGGCGCAGTGAACCACTGTTATCGATATCGAACAGTACGCCTTCCTCGATACCCGTCAGACCAACGCCCTTGCCGCTGAGGTCGAGCAAGAGCGGGTCGACAAACGTGTTCACCGTGGTCATTGCTGCCAACCCGTTGAGTACCACGGCATTGCGCAGGCTGAAATCCGGTTGTTCATTGCCATCACGATAGAACTGAGCCAGATGC > NC_002947/5602337‑5602621 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |