Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,613,586 | T→A | 6.5% | G162G (GGT→GGA) | PP_4933 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,613,586 | 0 | T | A | 6.5% | 188.8 / 3.9 | 61 | G162G (GGT→GGA) | PP_4933 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/30); new base A (2/2); total (29/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
TACAGGAAGTGGCCGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAGCTTGTTCCACGTT > NC_002947/5613441‑5613733 | tACAGGAAGTGGCCGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGTTGGCTCCGGAGTCCGGTGcca < 2:299748/150‑2 (MQ=255) aGGAAGTGGCCGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCAc > 2:276700/1‑150 (MQ=255) gTGGCCGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCg < 2:986157/150‑1 (MQ=255) ggCCGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGt < 1:244516/150‑1 (MQ=255) ccGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGc > 1:88760/1‑150 (MQ=255) cGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCa > 2:241863/1‑150 (MQ=255) gaggagTGCCTGCTGGAATCCCCTGAAGGTTGGCTGGGCGTGCGCTTCAACGACACCTGGCTGTCCATCCCCTACGCCCCCGCCCTGCACTACCGCGACACGCTCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCAt < 1:524218/150‑1 (MQ=255) gaggagTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCAt < 1:241863/150‑1 (MQ=255) ctgGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTg < 2:883261/150‑1 (MQ=255) tgGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCg > 2:303346/1‑141 (MQ=255) tgGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCg < 1:303346/141‑1 (MQ=255) gAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCAc < 1:1208364/124‑1 (MQ=255) gAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCAc > 2:1208364/1‑124 (MQ=255) cccGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTg > 2:193111/1‑127 (MQ=255) cccGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTg < 1:193111/127‑1 (MQ=255) cGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCGACGACACCTGGCTGACCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTGCCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTGCGGGGTCCGGTGCC‑GCAAGCCCGGTGCATTGCGGCAACCTGATGCtcgtgg > 2:375872/1‑145 (MQ=255) cgcTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTAtgtg < 1:398928/150‑1 (MQ=255) aaCGACACCTGGCTGCCGATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCCCCCCCCCGCCCACGTGCACCTg > 2:615059/1‑150 (MQ=255) aCGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGa < 2:69728/124‑1 (MQ=255) aCGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGa > 1:69728/1‑124 (MQ=255) cTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGt < 1:1092738/90‑1 (MQ=255) cTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGt > 2:1092738/1‑90 (MQ=255) tGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCACCGGACTCCGGAGcca > 2:333028/1‑78 (MQ=255) tGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCACCGGACTCCGGAGcca < 1:333028/79‑2 (MQ=255) cccATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCgg < 2:320695/92‑1 (MQ=255) cccATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCgg > 1:320695/1‑92 (MQ=255) cATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACa > 2:516072/1‑150 (MQ=255) aTCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAg < 1:516072/150‑1 (MQ=255) ccccTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCt < 1:473085/150‑1 (MQ=255) ccccTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCt < 1:473196/150‑1 (MQ=255) cTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACgg < 1:608001/112‑1 (MQ=255) cTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACgg > 2:608001/1‑112 (MQ=255) tACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATCCACCTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATc < 2:709649/150‑1 (MQ=255) gccgccgccCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTAt < 1:276700/150‑1 (MQ=255) ccgccgccCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATg > 1:232382/1‑150 (MQ=255) cgccgccCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCgg < 1:218262/78‑1 (MQ=255) cgccgccCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCgg > 2:218262/1‑78 (MQ=255) gccgccCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGAc < 2:88760/150‑1 (MQ=255) gccCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATg > 1:887307/1‑150 (MQ=255) cTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATgcgc < 2:982603/150‑1 (MQ=255) tACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGt > 1:630959/1‑56 (MQ=255) tACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGt < 2:630959/56‑1 (MQ=255) tACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCaa > 2:760875/1‑150 (MQ=255) tACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCaa > 2:760318/1‑150 (MQ=255) tACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCaa < 1:809005/150‑1 (MQ=255) gAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGccc > 2:125805/1‑150 (MQ=255) aaCACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCg > 1:682058/1‑150 (MQ=255) acCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGa > 2:972643/1‑150 (MQ=255) cccACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCa > 2:993510/1‑99 (MQ=255) cccACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCa < 1:993510/99‑1 (MQ=255) ccACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGc > 2:678391/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGaaa < 2:682058/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGaaa < 1:678391/150‑1 (MQ=255) ggCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAg < 1:972643/150‑1 (MQ=255) accGGACTCCGGAGCCAGCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAGCt > 2:220071/2‑150 (MQ=255) gAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCt > 2:36338/1‑74 (MQ=255) gAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCt < 1:36338/74‑1 (MQ=255) actCCGGAGCCAGCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAGCTTGTTc < 1:220071/148‑1 (MQ=255) gTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAGCTTGTTccc > 1:395478/1‑149 (MQ=255) tCCGGTGCC‑GCACGCGCGGTGCAGTGCGGCAAAGTGATGCTACTGGAGCGGCCACGGGCCTATGTGCCCGTGCCCACGGCTTCGCTAGAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAGCTTGTTCCAc > 2:461298/1‑150 (MQ=255) ggTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAGCTTGTTCCACGtt < 2:232382/150‑1 (MQ=255) | TACAGGAAGTGGCCGAGGAGTGCCTGCTGGAAACCCCGGAAGGTTGGCTGGGCGGGCGCTTCAACGACACCTGGCTGCCCATCCCCTACGCCGCCGCCCTGCACTACCGCGAAACACCCCACTTCGTGCTGGCTCCGGAGTCCGGTGCC‑GCACGCCCGGTGCATTGCGGCAAACTGATGCTACTGGAGCGCCCACGGGCCTATGTGCACCTGCCCACCGCTTCGCTACAGCTGATCTATGACATGCGCCTGCAAGTGCCCCGGGACGCCAAGAAACTCAGCTTGTTCCACGTT > NC_002947/5613441‑5613733 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |