Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,640,452 | G→T | 9.3% | A22S (GCC→TCC) | PP_4951 → | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,640,452 | 0 | G | T | 9.3% | 132.8 / 3.9 | 43 | A22S (GCC→TCC) | PP_4951 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/16); new base T (2/2); total (25/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
CTAAAGCCGCTCCTACAAGGAACGCGTAACCCCTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCTCAGG > NC_002947/5640304‑5640597 | cTAAAGCCGCTCCTACAAGGAACGCGTAACCCCTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGc > 1:792307/1‑150 (MQ=255) ttcTACAAGGAACGCGTATCCCCTGTAGGAGCGGCCTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATg < 1:132877/148‑1 (MQ=255) aaGGAACGCGTAACCCCTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTcc > 1:673277/1‑150 (MQ=255) ggAACGCGTAACCCCTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCt > 2:639552/1‑150 (MQ=255) gcgTAACCCCTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACg > 1:702957/1‑150 (MQ=255) ccTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATc > 2:352189/1‑150 (MQ=255) aGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCaa < 1:352189/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAac > 1:233770/1‑150 (MQ=255) cTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACActgccc > 1:718390/1‑150 (MQ=255) gCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCg > 2:746497/1‑150 (MQ=255) tGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTgg < 2:233770/150‑1 (MQ=255) aaaCGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGa > 1:880919/1‑150 (MQ=255) cGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGa > 2:812254/1‑150 (MQ=255) aTGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGa > 1:375861/1‑140 (MQ=255) aTGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGa < 2:375861/140‑1 (MQ=255) cACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGGCGGCCCCATCCTCAACACTGCTCTTTTGGCCATTTCTGGGTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGgtgt < 1:812254/150‑1 (MQ=255) cccGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGAt > 1:81242/1‑150 (MQ=255) cccGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGAt > 1:360329/1‑150 (MQ=255) cccGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCGTCTCCCTGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGAt > 1:750896/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATc < 2:718390/150‑1 (MQ=255) gACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCt > 1:411006/1‑77 (MQ=255) gACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCt < 2:411006/77‑1 (MQ=255) cccGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCATTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCGCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCACGGTTTGATCATTGCCTAc > 2:406967/1‑150 (MQ=255) gTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATg > 1:826895/1‑93 (MQ=255) gTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATg < 2:826895/93‑1 (MQ=255) gTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATg < 2:360329/150‑1 (MQ=255) tCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCctgc < 2:81242/150‑1 (MQ=255) ccTTGGGTGGTGGCCATCTCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCt < 2:295256/53‑1 (MQ=255) ccTTGGGTGGTGGCCATCTCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCt > 1:896938/1‑53 (MQ=255) ccTTGGGTGGTGGCCATCTCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCt > 1:295256/1‑53 (MQ=255) ccTGGGGTGGTGGCCATCTCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCt < 2:896938/53‑1 (MQ=255) cTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGgtgt > 2:416469/1‑115 (MQ=255) cTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGgtgt < 1:416469/115‑1 (MQ=255) ttGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGAt > 2:667048/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGAt > 1:396736/1‑150 (MQ=255) tggCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCt > 2:815761/1‑150 (MQ=255) tggCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCt < 2:930990/150‑1 (MQ=255) gCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCTCa < 2:880919/150‑1 (MQ=255) cATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCTCAgg < 2:931525/150‑1 (MQ=255) cATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCTCAgg > 2:941706/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCTCAgg < 2:673277/149‑1 (MQ=255) tCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCAc > 2:619645/1‑121 (MQ=255) tCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCAc < 1:619645/121‑1 (MQ=255) | CTAAAGCCGCTCCTACAAGGAACGCGTAACCCCTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCGTTGGCCGAAGACCCCTTGCGCATGCAGGGTGTGATCATTGCCTACATGCTCACCGTGGCCCTGCTGATCCCTGCCTCAGG > NC_002947/5640304‑5640597 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |