| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,651,425 | T→G | 11.7% | intergenic (‑182/+31) | PP_4959 ← / ← fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,651,425 | 0 | T | G | 11.7% | 145.7 / 14.2 | 60 | intergenic (‑182/+31) | PP_4959/fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/25); new base G (4/3); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
ACGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGC > NC_002947/5651277‑5651569 | aCGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAACGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGCTGTGTCGCACTCCTGTGGAAGCTACCAGCCCCCAG‑AAAAAAACCCGCATc > 2:131727/1‑150 (MQ=255) aTCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCgg < 1:36180/149‑1 (MQ=255) aTCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCgg > 2:36180/1‑149 (MQ=255) aTCCAATAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAAACAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCAGCATCGCTGCggg > 2:539955/1‑150 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTAc < 1:1168454/150‑1 (MQ=255) ccTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGt < 2:1086138/150‑1 (MQ=255) cTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTc > 1:712361/1‑150 (MQ=255) gAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGa < 2:712361/150‑1 (MQ=255) 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acGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCt > 2:520809/1‑150 (MQ=255) gcaatgcaatCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTg > 2:505524/1‑150 (MQ=255) aatgcaatCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAg < 2:576632/122‑1 (MQ=255) aatgcaatCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAg > 1:576632/1‑122 (MQ=255) aatCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGCACTTATGTACAGACTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCa > 2:1041340/1‑150 (MQ=255) aaCGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCAc < 1:535161/150‑1 (MQ=255) gATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGtt > 2:769782/1‑118 (MQ=255) gATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGtt < 1:769782/118‑1 (MQ=255) aaaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTg > 1:376230/1‑150 (MQ=255) aaaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTg < 1:746679/150‑1 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTgg < 2:27253/150‑1 (MQ=255) aCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCTGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACTTTGACGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGt > 2:591670/1‑150 (MQ=255) cTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAgcg < 2:359626/144‑1 (MQ=255) cTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAgcg > 1:359626/1‑144 (MQ=255) tGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGt < 1:244058/84‑1 (MQ=255) tGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGt > 2:244058/1‑84 (MQ=255) cGGTATCCAACTAACGGTCGGTCTGCCGGCATTATGTACAGGTTTCCATATCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGc < 2:1103504/150‑1 (MQ=255) aGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTc < 2:303237/150‑1 (MQ=255) cccaCTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCACCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGCCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCa < 1:131727/147‑1 (MQ=255) gACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCt < 1:109432/87‑1 (MQ=255) gACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCt > 2:109432/1‑87 (MQ=255) gACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttt < 2:869957/77‑2 (MQ=38) gACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttt > 1:869957/1‑76 (MQ=38) cggtcTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCt < 2:92254/150‑1 (MQ=255) tcTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGa > 1:837692/1‑150 (MQ=255) 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tACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGc > 1:1162802/1‑150 (MQ=255) cAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGt < 2:15950/43‑1 (MQ=17) cAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGt > 1:15950/1‑43 (MQ=17) gTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCcgcg > 2:44866/1‑150 (MQ=255) ctcCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGaa < 1:44866/150‑1 (MQ=255) cccAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAgg > 1:285698/1‑150 (MQ=255) ccAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGc < 1:468536/150‑1 (MQ=255) aT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAg < 1:1072006/125‑1 (MQ=255) aT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAg > 2:1072006/1‑125 (MQ=255) aT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGACCTTCGAGACCATCAGCGCGGTGCCGAAGGCtt > 1:62105/1‑150 (MQ=255) tgaaaaaCCCGCAGCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCg > 2:294321/3‑150 (MQ=255) aaaaaaaCCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCg < 1:505524/150‑1 (MQ=255) aaaCCCGCAGCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAc > 1:883857/1‑150 (MQ=255) ccGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcgcgc < 1:1041340/150‑1 (MQ=255) ccGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcgcgc > 1:30357/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcgcgc < 1:294321/150‑1 (MQ=255) | ACGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAT‑AAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGC > NC_002947/5651277‑5651569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |