| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,298:1 | +T | 47.4% | intergenic (+489/+263) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,298 | 1 | . | T | 47.4% | 25.4 / 40.1 | 19 | intergenic (+489/+263) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/5); new base T (5/4); total (10/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
TTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCT > NC_002947/4741176‑4741433 | ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcc > 2:121731/1‑150 (MQ=255) gTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TTCAGGCACAGGCCCGGGAGGCGTCTTACTGCAgc > 2:414941/1‑150 (MQ=255) cGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCACCTCGACCTTgg > 2:381577/1‑150 (MQ=255) aTCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAg < 2:337126/150‑1 (MQ=255) cgcgGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggc < 2:100103/150‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt > 1:23146/1‑150 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt < 1:62045/150‑1 (MQ=255) taGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGGGCCTTTTGCTGTAGCAGCCGGGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTAc < 1:121731/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc > 2:295580/1‑127 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 1:295580/127‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:23146/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 2:268130/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg > 1:377545/1‑150 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTTCTGCAGAGCCTCGAACTTGAAGAGCACACGTTTGATCTCGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg > 1:433648/1‑150 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 1:348311/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:231785/1‑150 (MQ=255) acttGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcct > 1:120343/4‑150 (MQ=255) ttCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc > 2:404328/1‑141 (MQ=255) ttCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc < 1:404328/141‑1 (MQ=255) | TTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCT > NC_002947/4741176‑4741433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |