New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3787854 | 11 (0.680) | 3 (0.190) | 3/250 | NT | 20.9% | coding (824/1392 nt) | PP_3350 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3787883 | 12 (0.760) | coding (795/1392 nt) | PP_3350 | hypothetical protein |
GATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGGTCGTCGGTTTCCAGGCCAAAGGCTAGCAGGTCCATGTTCCACGACGCCGACAGCGGCAAGGTGCCGTAGAGGCCGTAGAATTTGATGT > NC_002947/3787706‑3788001 | gATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGaa < 1:287964/150‑1 (MQ=255) ccAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAgcg < 1:216187/150‑1 (MQ=255) ggggTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCgctg > 1:196431/1‑150 (MQ=255) gaaggtgaagCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCAcc < 2:379798/150‑1 (MQ=255) tgaagCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAgcagcgctacactttcggcacgcggctgttcggccgccatca < 1:290831‑M1/150‑43 (MQ=255) gCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGcc < 2:196431/150‑1 (MQ=255) tCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAgg < 2:40882/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCgg > 1:244275/1‑150 (MQ=255) cgcCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGgtcgtc > 2:66048/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAgcagcgctacactttcggcacgcggctgttcg < 2:23245‑M1/92‑33 (MQ=255) ccAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAgcagcgctacactttcggcacgcggctgttcg > 1:23245‑M1/1‑60 (MQ=255) tCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGGTCGTCGGTTTCCAGGCCAAAGGCTAGCAGGTCCATGTTCCatg > 2:162363/1‑148 (MQ=255) tccagtccagTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGGTCGTCGGTTTCCAGGCCAAAGGCTAGCAGGTCCATGTTCCACGACGCCGACAGCGGCAAGGTGc > 2:219860/1‑150 (MQ=255) agtccagtGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGGTCGTCGGATTCCAGGCACACGGCTAGCAAGTCCATGGTCCACGACGCCGACAGCGGCAAGGTGCCgg > 2:430948/1‑149 (MQ=255) tGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCtcggccgccatcaggcactggactggagctggaacctcgtcgggcagaccggccacctgggcaacgcgtcgatccgcgcctgggcgctgtcgagcgacagcggcttca < 1:290831‑M2/150‑109 (MQ=255) ggcCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGGTCGTCGGTTTCCAGGCCAAAGGCTAGCAGGTCCATGTTCCACGACGCCGACAGCGGCAAGGTGCCGTAGAGGCCGTAGAATTTGa < 2:244275/150‑1 (MQ=255) cGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCtcggccgccatcaggcactggactggagctggaacctcgtcgggcagaccggccacctgg < 2:23245‑M2/92‑61 (MQ=255) cGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCtcggccgccatcaggcactggactggagctggaacctcgtcgggcagaccggccacctgg > 1:23245‑M2/1‑32 (MQ=255) cGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGGTCGTCGGTTTCCAGGCCAAAGGCTAGCAGGTCCATGTTCCACGACGCCGACAGCGGCAAGGTGCCGTAGAGGCCGTAGAATTTGAtgt < 1:219860/150‑1 (MQ=255) | GATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGCGGTCGTCGGTTTCCAGGCCAAAGGCTAGCAGGTCCATGTTCCACGACGCCGACAGCGGCAAGGTGCCGTAGAGGCCGTAGAATTTGATGT > NC_002947/3787706‑3788001 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |