New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5903816 = | 29 (1.790) | 4 (0.270) | 4/236 | NT | 11.6% | intergenic (+16/+91) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 5903898 = | 34 (2.280) | intergenic (+98/+9) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
TACCAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCT > NC_002947/5903669‑5903964 | ttcttcgtctggtacttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctTTc > 1:339880‑M1/148‑150 (MQ=255) cAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTcgcg > 1:146309/1‑150 (MQ=255) cAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTcgcg > 1:267356/1‑150 (MQ=255) ccATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCAt < 1:109344/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGc > 1:151771/1‑150 (MQ=255) gCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCcac < 1:167927/150‑1 (MQ=255) gAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAggg > 2:104522/1‑150 (MQ=255) tCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCCGGACCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCTCACCGGGCTCACCTCAACCCt < 2:361141/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 2:302067/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTCCGCGGGGATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 1:289159/149‑1 (MQ=255) cGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCTGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCtgtg > 1:161270/1‑150 (MQ=255) ggTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAgg > 2:285324/1‑124 (MQ=255) ggTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAgg < 1:285324/124‑1 (MQ=255) ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgt < 1:655/150‑1 (MQ=255) ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATAAAAATGGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACGGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgt < 1:361218/150‑1 (MQ=255) tcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGc < 2:12070‑M1/67‑1 (MQ=255) aGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 1:319293/150‑1 (MQ=255) tgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGccc > 1:12070‑M1/74‑150 (MQ=255) tgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgt > 1:286898‑M1/71‑131 (MQ=255) tgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgt < 2:286898‑M1/61‑1 (MQ=255) tGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGGTGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAgg < 2:223950/150‑1 (MQ=255) tCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGcc > 2:415668/1‑150 (MQ=255) gAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAgg < 2:363766/150‑1 (MQ=255) aaGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGt < 1:104522/150‑1 (MQ=255) tCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGc > 2:311773/1‑150 (MQ=255) tCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGcc > 1:232787/1‑150 (MQ=255) acaTTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCAcc > 2:328129/1‑150 (MQ=255) aTTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCt < 1:281274/97‑1 (MQ=255) aTTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCt > 2:281274/1‑97 (MQ=255) aTTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTg > 1:390751/1‑150 (MQ=255) tGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCCCCCACAGGGCTCACCACAACCCTAAAGGCTGGGAGGGCCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGa > 1:352117/1‑150 (MQ=39) gCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaaa > 2:149863/1‑105 (MQ=255) gCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaaa < 1:149863/105‑1 (MQ=255) gCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGAcc < 1:415668/150‑1 (MQ=255) gAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGtt > 1:262995/1‑150 (MQ=255) gAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGtt < 2:151771/150‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCATGCACGCTCCAAAAGCGAACAGCACAACGGTGAAGTCTGTGAGGTCCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCt < 2:161270/150‑1 (MQ=255) | TACCAGGACCATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCT > NC_002947/5903669‑5903964 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |