New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 219919 | 24 (1.480) | 4 (0.260) | 4/248 | NT | 14.0% | coding (25425/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
? | NC_002947 | = 219942 | 26 (1.660) | coding (25448/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
AAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGTGGCAATGGCAAT > NC_002947/219809‑220087 | aaGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGACGTGCGAGCGGACGTAGCACag > 2:234903/1‑150 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTc > 1:444225/1‑150 (MQ=255) aaGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTg < 2:289794/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGCCCTCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCa < 1:69288/150‑1 (MQ=255) gCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAAt < 2:55009/150‑1 (MQ=255) gACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGtt < 1:25857/150‑1 (MQ=255) cccATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGGCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCAc < 1:83073/149‑1 (MQ=255) aTTGATAGTGGTAACGGAAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAg < 1:22776/150‑1 (MQ=255) ggCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGACTAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCAc < 1:234903/150‑1 (MQ=255) ggCAACGACATCATCTCCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGCCGGACGTTGCACAGAAGAAAAGTGCTGGGCGGCATCATGACACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCAc > 1:321740/1‑150 (MQ=255) gACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACCCCAGCGACAACTGGTTGTGTGTGCTGTCACTACCTTCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCTCTACACCGAGTTCGATATCTcc < 2:15354/150‑1 (MQ=255) gACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTcc > 2:24419/1‑150 (MQ=255) tGATCCCCCTCAATGGAGCAGTCAGCGAGGGATACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTg > 2:398449/1‑150 (MQ=255) tGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCaa > 1:224946/1‑100 (MQ=255) tGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCaa < 2:224946/100‑1 (MQ=255) ccTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAgacgtacgttgagggtgatcaggtcaccgaagatgatgtcgttgccgttaccactatcaatggtgtcggcacctggcaccgttgcttcggagtgaccgagaatcgccttgg < 2:141884‑M2/150‑112 (MQ=255) cTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAgacgacaccgttgagggtgatcaggtcaccgaagatgatgtcgttgccgttaccactatcaatggtgtcggcacctggcaccgttgcttcggagtgaccgagaatcgccttg < 2:417580‑M2/150‑113 (MQ=255) cTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTacac < 1:344736/122‑1 (MQ=255) cTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTacac > 2:344736/1‑122 (MQ=255) cTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGAc > 1:223386/1‑150 (MQ=255) cAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACgg < 2:444225/150‑1 (MQ=255) ggTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAgacgacaccgttgagggtgatcaggtcaccgaagatgatgtcgttgccgttaccactatcaatggtgtcggcacctggcaccgttgcttcggagtgaccgagaatcgccttgg < 2:362811‑M2/145‑114 (MQ=255) ggTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAgacgacaccgttgagggtgatcaggtcaccgaagatgatgtcgttgccgttaccactatcaatggtgtcggcacctggcaccgttgcttcggagtgaccgagaatcgccttgg > 1:362811‑M2/1‑32 (MQ=255) gCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGt < 1:432810/150‑1 (MQ=255) tACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGACAAGGACGGCAATAACATCATGTCGAGtctc > 2:248222/1‑147 (MQ=255) aCCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGtggca > 1:319231/1‑150 (MQ=255) aGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAg > 2:198095/1‑98 (MQ=255) aGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAg < 1:198095/98‑1 (MQ=255) aGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGtggcaatg < 1:24419/150‑1 (MQ=255) aGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGCGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGtggcaatg < 1:360831/150‑1 (MQ=255) cTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGTggcaatggcaat < 2:112142/150‑1 (MQ=255) | AAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGTGGCAATGGCAAT > NC_002947/219809‑220087 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |