Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 89,439 | T→C | 11.7% | L5P (CTT→CCT) | PP_0079 → | transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 89,439 | 0 | T | C | 11.7% | 84.9 / 3.2 | 34 | L5P (CTT→CCT) | PP_0079 | transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/15); new base C (2/2); total (17/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
TATTCGGACGCGTCATGGTGGCTTCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAGGCACAGTTGGGCACGCGCCTGT > NC_002947/89302‑89588 | tatTCGGACGCGTCATGGTGGCTTCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGtt > 2:388935/1‑149 (MQ=255) ttCGGACGCGTCATGGTGGCTTCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCgg > 2:272925/1‑142 (MQ=255) ttCGGACGCGTCATGGTGGCTTCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCgg < 1:272925/142‑1 (MQ=255) aCGTGTCATGGTGGCTTCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCCTGCCGGGTTGTCGCTGGAt > 2:198619/1‑150 (MQ=255) ggtggCTTCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGAGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTgcgc < 1:389384/150‑1 (MQ=255) ttCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTc > 2:131128/1‑150 (MQ=255) cATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGa < 2:326430/149‑1 (MQ=255) cATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGa > 1:326430/1‑149 (MQ=255) ttATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTTCGCGTATGCGAGTCTGCTgcgcgc > 2:429874/1‑150 (MQ=255) 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aTAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTa > 1:188291/1‑150 (MQ=255) aTGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTg < 1:122007/115‑1 (MQ=255) aTGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTg > 2:122007/1‑115 (MQ=255) cGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCca < 1:338384/150‑1 (MQ=255) cAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCcagcag < 2:348236/150‑1 (MQ=255) aCTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGaa > 1:44695/1‑150 (MQ=255) tGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGa < 2:23963/109‑1 (MQ=255) tGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGa > 1:23963/1‑109 (MQ=255) gCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAg < 2:388491/150‑1 (MQ=255) ccAAGCTTATGTTTGAGCACCCTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAgg < 1:334379/150‑1 (MQ=255) ttATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAg < 2:392849/143‑1 (MQ=255) ttATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAg > 1:392849/1‑143 (MQ=255) tGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAGGCACAGTTgg < 2:151379/150‑1 (MQ=255) gTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAGGCACAGTTggg < 2:378680/150‑1 (MQ=255) cTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAGGCACAGTTGGGCACGCGCCTg > 2:41920/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGAGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGGTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGTTGCCCGCAGTGAGCCAGCAGGTAAAGAGGCTTGAGGCAAAGGTGCGCAcacgtagct > 2:168417/1‑145 (MQ=255) | TATTCGGACGCGTCATGGTGGCTTCCATCGTTGAGGGTTATGCGAACCGCTTGCCTACCAAGATGCGACTGTGGATAACATGGGTAAAGCCCATGGCGGGCAATGACTGGGATTAGCCAAGCTTATGTTTGAGCACCTTGCCGGGTTGTCGCTGGATACCTTGCGCGTATTCGAGGCTGCTGCGCGCCTGCGTGGCTTTACCGCTGCGGCGCTGGAGTTGGGTACCACGCAGCCGGCAGTGAGCCAGCAGGTGAAGCGCCTGGAGGCACAGTTGGGCACGCGCCTGT > NC_002947/89302‑89588 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |