| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,964,852 | G→T | 40.1% | A184E (GCG→GAG) | fleQ ← | transcriptional regulator FleQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,964,852 | 0 | G | T | 40.1% | 5.8 / 8.8 | 15 | A184E (GCG→GAG) | fleQ | transcriptional regulator FleQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/6); new base T (2/4); total (5/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
GTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACGACTGGTGCCAACCAGGCTGCGGAACAGATTGGGTTCGCGCTGGCGAC > NC_002947/4964720‑4964999 | gTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCTCTACCACTTCCTtgccg < 1:12564/150‑1 (MQ=255) gATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTtgccggt < 2:171463/150‑1 (MQ=255) gcCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGAt < 1:64203/150‑1 (MQ=255) tGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTg < 1:172005/150‑1 (MQ=255) gAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTc > 2:152925/1‑150 (MQ=255) cGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCg > 1:52220/1‑150 (MQ=255) gCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCTCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGcatcatt > 2:204602/1‑149 (MQ=255) ccGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCAc < 1:138724/150‑1 (MQ=255) ggCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACGACTGGTGCCa > 2:29164/1‑150 (MQ=255) cgcTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCTCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGGGCTGAATGGCACGACTGGTGCCAAc < 1:204602/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACGACTGGTGCCAACCAgg < 1:152925/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCTCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACGACTGGTGCCAACCAGGCTGCg < 1:271524/150‑1 (MQ=255) tGGTAGTGCAGGTTGCGCTCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACCAGTCGTGCCattca > 1:180274/1‑129 (MQ=255) tGGTAGTGCAGGTTGCGCTCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACCAGTCGTGCCattca < 2:180274/133‑5 (MQ=255) gTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCCCCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACGACTGGTGCCAACCAGGCTGCGGAACAGATTggg < 1:279526/150‑1 (MQ=255) gcgcTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTTCTGaa < 2:240265/96‑1 (MQ=255) gcgcTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGaa > 1:240265/1‑96 (MQ=255) gcgcTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACGACTGGTGCCAACCAGGCTGCGGAACAGATTGGGTTCGCGCTGGCGAc > 2:175436/1‑150 (MQ=255) | GTGATGGCCCCGGTAAAGGCGCCCTTCTCGTGGCCGAACAGTTCGCTTTCCAGCAGCTCGGCCGGGATCGCGCCACAGTTGACCGGCACGAACGGCGCTTCGCGGCGCTTGGAATGGTAGTGCAGGTTGCGCGCTACCACTTCCTTGCCGGTGCCGGACTCACCCAGGATCAGCACGCTGGCGTCGGTATCCGCCACTTGCTGCATCATCTGCCGCACGTGCTGAATGGCACGACTGGTGCCAACCAGGCTGCGGAACAGATTGGGTTCGCGCTGGCGAC > NC_002947/4964720‑4964999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |