Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,803,360 | A→G | 16.0% | M165T (ATG→ACG) | PP_5081 ← | type IV pili biogenesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,803,360 | 0 | A | G | 16.0% | 51.9 / 4.2 | 25 | M165T (ATG→ACG) | PP_5081 | type IV pili biogenesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/13); new base G (2/2); total (10/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-01 |
GTCCACTTCAGGCGCAGCCATTGCGGCCCTTGCCGGCAGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGCCTGTTGCTCACCTGCCTCTACATCGAGGCGTTCGAC > NC_002947/5803215‑5803508 | gTCCACTTCAGGCGCAGCCATTGCGGATCACTCCGGCAGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTACAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTc > 1:11509/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCCATTGCGGCCCTTGCCGGCAGGTGCGCCAGCATTGCAGGATGAC‑AATCAGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTACAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCa < 2:11509/150‑1 (MQ=255) aGCCATTGCGGCCCTTGCCGGCAGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTATGCGTGTGATAGGCCTCAACCCGCAACTGCAGGGGCAACAGTCCCGCCATGCGATCAACGGTTGCCAGGCACATGTCACCGCTGCGCAGCAt > 1:138547/1‑150 (MQ=255) gCCATTGCGGCCCTTGCCGGCAGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATc < 1:241843/150‑1 (MQ=255) ccGGCAGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAAcc > 2:130190/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCCCAAGCATTGCAGG‑TGCCTTACCGTGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCTCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAgtc < 2:138547/150‑1 (MQ=255) aGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAg > 2:198298/1‑147 (MQ=255) aGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAg < 1:198298/147‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAgtcgtc < 1:130190/150‑1 (MQ=255) aGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCCAAAATGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCGTGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCATTCGTCCAGCcac > 2:109489/1‑150 (MQ=255) g‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAgg < 1:108997/150‑1 (MQ=255) gATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGca < 1:328626/150‑1 (MQ=255) gATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGca > 1:349247/1‑150 (MQ=255) aTAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGcac > 2:265042/1‑150 (MQ=255) tAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGcacc > 1:216073/1‑150 (MQ=255) gCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCGTGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCaccacc > 1:301975/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCt < 2:216073/150‑1 (MQ=255) ggCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAAGCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATc < 1:4729/150‑1 (MQ=255) gaaaCAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCgg < 1:159915/148‑1 (MQ=255) cAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGc < 1:66135/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGCCTGTTGCTCa < 2:341657/150‑1 (MQ=255) tCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGCCTGTTGCTCACCTGCctct > 2:400881/1‑150 (MQ=255) ttGCCAGGCTCGTGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGCCTGTTGCTCACCTGCCTCTACATCGa < 2:301975/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCGTGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCATTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGCCTGTTGCTCACCTGCCTCTACATCGAGGc < 1:109489/150‑1 (MQ=255) cATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGCCTGTTGCTCACCTGCCTCTACATCGAGGCGTTCGAc < 1:265042/150‑1 (MQ=255) | GTCCACTTCAGGCGCAGCCATTGCGGCCCTTGCCGGCAGGTGCGCCAGCATTGCAGG‑TGCCTTCACGGGCGTAGCCGTGTGATAGGCATCAACCCGCAACTGCAGGCGCAACAGTCCAGGCTGGCGATCAACGGTTGCCAGGCTCATGTCACCGCTGCGCAGAATCCGTGCCTGCCCTAACCAGTCGTCCAGCCACAGCCGCAAGGCCGGATAACGCCCCACCACTTGCACCACCAGCGGTACCTTGCTGAATCCGGCCTGTTGCTCACCTGCCTCTACATCGAGGCGTTCGAC > NC_002947/5803215‑5803508 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |