| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,841,853 | C→T | 14.8% | G122G (GGC→GGT) | calB → | coniferyl aldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,841,853 | 0 | C | T | 14.8% | 58.2 / 3.9 | 27 | G122G (GGC→GGT) | calB | coniferyl aldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/12); new base T (2/2); total (13/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
CCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCA > NC_002947/5841711‑5841981 | ccGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCg < 2:391514/150‑1 (MQ=255) tACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGa > 1:127570/1‑150 (MQ=255) tGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCgt > 1:178207/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCgttg > 2:356403/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCg > 1:302739/1‑116 (MQ=255) aaaaGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCg < 2:302739/116‑1 (MQ=255) cACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGAcc < 1:380907/150‑1 (MQ=255) cTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGTGTCATCg < 1:268161/104‑1 (MQ=255) cTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGTGTCATCg < 1:268165/104‑1 (MQ=255) cTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGTGTCATCg > 2:268165/1‑104 (MQ=255) cTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGTGTCATCg > 2:268161/1‑104 (MQ=255) aCGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCt < 2:436766/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCgg < 2:378576/150‑1 (MQ=255) caggccgACGCGGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCgtt > 2:97364/4‑103 (MQ=255) caggccgACGCGGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCgtt < 1:97364/100‑1 (MQ=255) gccgACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCggg < 1:264197/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGACAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCAt < 2:85066/150‑1 (MQ=255) gccgcGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGc > 1:215407/1‑150 (MQ=255) cgTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCaa < 1:82907/150‑1 (MQ=255) gCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAg < 1:315043/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACg > 2:426160/1‑150 (MQ=255) gcgcACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACgg > 1:183724/1‑150 (MQ=255) 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CCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCA > NC_002947/5841711‑5841981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |