Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,900,014 | C→G | 16.0% | Q310H (CAG→CAC) | PP_5173 ← | RND family transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,900,014 | 0 | C | G | 16.0% | 57.1 / 6.4 | 25 | Q310H (CAG→CAC) | PP_5173 | RND family transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/10); new base G (2/2); total (13/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.74e-01 |
CAAGACTGACAAAGCTCACGGCCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGCGAAGGCGGGTCGACGTAGCCGCGCTCGATGTCGGCGATATC > NC_002947/5899872‑5900163 | cAAGACTGACAAAGCTCACGGCCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCa > 2:367137/1‑150 (MQ=255) aGACTGACAAAGCTCACGGCCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACCCCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATg < 2:391438/150‑1 (MQ=255) gACTGACAAAGCTCACGGCCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATgc > 2:336772/1‑150 (MQ=255) gACTGACAAAGCTCACGGCCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCATGGACCAGGTGGTCCagga < 2:374584/150‑4 (MQ=255) tGACAACGCTCACGACCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCAt < 2:363037/145‑1 (MQ=255) tGACAAAGCTCACGACCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGGCCTGGACCACCTGGTCCAt > 1:363037/1‑145 (MQ=255) aaaGCTCAGGGCCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACAACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCAACTGGGCCATGCGCttttt > 1:108448/1‑150 (MQ=255) ccaccGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGa > 2:71820/1‑150 (MQ=255) cTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTc > 1:69410/1‑121 (MQ=255) cTCGAACAGGGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTc < 2:69410/121‑1 (MQ=255) tGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGc < 2:379726/150‑1 (MQ=255) gTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCATGGACCAGGTGGTCCagggc > 1:444078/1‑94 (MQ=255) gTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCATGGACCAGGTGGTCCagggc < 2:444078/98‑5 (MQ=255) gcctGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATg < 1:367137/150‑1 (MQ=255) gcctGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATg > 1:282404/1‑150 (MQ=255) gcctGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATg < 2:282404/150‑1 (MQ=255) cctGCTCGTCCTGCACGTCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCAACTGGTCCATGCGCTTTTTTCACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGTCGAGGCCAATgg < 2:108448/150‑1 (MQ=255) ttGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTc > 1:368024/1‑150 (MQ=255) tGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACgg > 1:12001/1‑150 (MQ=255) ggTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGa < 1:336772/150‑1 (MQ=255) gTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCAACCATCATCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGaa > 1:250777/1‑150 (MQ=255) aCGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGc < 2:12001/150‑1 (MQ=255) gACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGCGAAGGCGGGTCGAc < 1:169261/150‑1 (MQ=255) gcatGGACCAGGTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGCGAAGGCGGGTCGACGTAGCCGCGCTCGATg > 1:401847/4‑150 (MQ=255) cTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGCGAAGGCGGGTCGACGTAGCCGCGCTCGATGTc > 1:91393/1‑150 (MQ=255) caccTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCGGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGCGAAGGCGGGTCGACGTAGCCGCGCTCGATGTCGGCGat > 2:5424/1‑150 (MQ=255) cTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGCGAAGGCGGGTCGACGTAGCCGCGCTCGATGTCGGCGATATc > 2:388657/1‑150 (MQ=255) | CAAGACTGACAAAGCTCACGGCCAGCACGATCACCACCGCCTCGAACAGTGCGCTGGTGAAACCGCCTACCGCCTGCTTGACCACCACGGCCTGGTCAGAAACGGTGTGTACACCGACACCCACCGGCAGGTCCTGGACCACCTGGTCCATGCGCTTTTTCAACGCCGCACCGAACACCTGGATGTTGCCGCCGGCCTTCATGCCGATGGCGAGGCCAATGGCTGTCTGGCCGTTGTAACGGAACATTGGCGAAGGCGGGTCGACGTAGCCGCGCTCGATGTCGGCGATATC > NC_002947/5899872‑5900163 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |