| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,048,354 | C→G | 10.5% | T258R (ACG→AGG) | PP_5300 → | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,048,354 | 0 | C | G | 10.5% | 114.5 / 5.5 | 38 | T258R (ACG→AGG) | PP_5300 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/18); new base G (2/2); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
ACACCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGTGGAT > NC_002947/6048209‑6048499 | acacCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACggtg < 1:113742/150‑1 (MQ=255) acCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACggtggt > 2:343081/1‑150 (MQ=255) cTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCGTAGGGTGGTcc < 2:217566/150‑2 (MQ=255) 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(MQ=255) cagACCACCGTAGGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCg > 1:40381/3‑150 (MQ=255) aGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCg < 1:181196/150‑1 (MQ=255) gACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCggg < 2:109034/150‑1 (MQ=255) ccaccCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGt < 1:91019/150‑1 (MQ=255) caccCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGTg < 1:305335/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |