| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,175,987 | G→A | 19.2% | G222G (GGC→GGT) | atpD ← | ATP synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,175,987 | 0 | G | A | 19.2% | 49.3 / 6.2 | 26 | G222G (GGC→GGT) | atpD | ATP synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/10); new base A (2/3); total (13/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
GCCAGGGTCGGCTGGTAACCTACTGCCGAAGGCATACGGCCCAGCAGTGCGGATACTTCGGTACCGGCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGCTCACCCACACCAGCGAAC > NC_002947/6175841‑6176131 | gCCAGGGTCGGCTGATAACCTACCGCTGAAGGCATACGGCCCAGCAGTGCGGATACTTCCGTACCGGCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCAACGAACAGCAGAACGTCACGACCTTCGTCACGGAATTTCTCAGCCATGGTCAGACCg < 2:236214/150‑1 (MQ=255) tCGGCTGATAACCTACCGCTGAAGGCATACGGCCCAGCAGGGAGGATACTTCCGTACCGGCCAGGGGGTAACGATAGATGTGGTCAACGAACAGCAGAACGTCACGATCTTCGTCACGGAATTTCTCAGCCATGGTCAGACCGGTCAgag < 1:274204/150‑3 (MQ=255) ggCATACGGCCCAGCAGTGCGGATACTTCGGTACCGGCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCtggt > 2:3470/1‑150 (MQ=255) ggCATACGGCCCAGCAGTGCGGATACTTCGGTACCGGCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCtggt < 1:237944/150‑1 (MQ=255) aCTTCGGTACCGGCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTGCACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGAcc > 2:322134/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTCACTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACttt < 1:319508/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCAACGAACAGCAGAACGTCACGACCTTCGTCACGGAATTTCTCAGCCATGGTCAGACCGGTCAGAGCAACGCGCAGACGGTTTcccggc > 2:121903/1‑108 (MQ=255) cAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCAACGAACAGCAGAACGTCACGACCTTCGTCACGGAATTTCTCAGCCATGGTCAGACCGGTCAGAGCAACGCGCAGACGGTTTCCcggc < 1:121903/112‑2 (MQ=255) gtAACGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAAc > 1:243545/1‑150 (MQ=255) cGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTg < 1:3470/150‑1 (MQ=255) gacgaACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCa < 2:309288/98‑1 (MQ=255) gacgaACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCa > 1:309288/1‑98 (MQ=255) gacgaACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCAtctc > 1:269048/1‑150 (MQ=255) cgaACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGt < 1:322134/150‑1 (MQ=255) agcagAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTc > 1:162113/1‑119 (MQ=255) agcagAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTc < 2:162113/119‑1 (MQ=255) gcagAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCa > 1:343657/1‑105 (MQ=255) gcagAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCa < 2:343657/105‑1 (MQ=255) tcgtTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGAAGTCGTTa < 2:243545/150‑1 (MQ=255) aCTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGCTCAc > 2:288014/1‑150 (MQ=255) ttCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGCTCAccc > 2:103355/1‑150 (MQ=255) tcGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGCTCACCcaca > 2:421372/1‑150 (MQ=255) ggCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGaa < 2:241014/117‑1 (MQ=255) ggCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGaa > 1:241014/1‑117 (MQ=255) ggTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGCTCACCCACACCAGCGaa < 2:269048/150‑1 (MQ=255) gTCAGACCGGTCAGAGCAACGCGCAGACGGTTTCCCGGCGGCTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAAAGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCaaaa > 1:214101/1‑149 (MQ=255) | GCCAGGGTCGGCTGGTAACCTACTGCCGAAGGCATACGGCCCAGCAGTGCGGATACTTCGGTACCGGCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCGACGAACAGCAGAACGTCGTTACCTTCGTCACGGAACTTCTCGGCCATGGTCAGGCCGGTCAGCGCTACACGCAGACGGTTTCCTGGTGGCTCGTTCATCTGACCGTAGACCAGCGCTACTTTGTCGAGAACGTTGGAGTCCTTCATCTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGCTCACCCACACCAGCGAAC > NC_002947/6175841‑6176131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |