| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 105,881 | C→T | 15.4% | A225A (GCC→GCT) | cynT → | carbonic anhydrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 105,881 | 0 | C | T | 15.4% | 55.9 / 4.2 | 26 | A225A (GCC→GCT) | cynT | carbonic anhydrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/10); new base T (2/2); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
CGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTCCCTGACTGCCCTGC > NC_002947/105734‑106020 | cGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCcgc > 1:40092/1‑150 (MQ=255) tGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAAc < 1:224660/150‑1 (MQ=255) tGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCt < 2:24471/150‑1 (MQ=255) gcACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTgcg > 1:88272/1‑150 (MQ=255) gcCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAg < 2:40092/150‑1 (MQ=255) tcatGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTg > 2:61383/1‑150 (MQ=255) atGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTcc > 1:23351/1‑94 (MQ=255) atGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTcc < 2:23351/94‑1 (MQ=255) ggTGTACGACATCGAGACCAGCAAGAGCGAAGCCTACTACTCCGCCAGCTACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGcatgt < 1:128517/150‑5 (MQ=255) tACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCa > 2:324865/1‑150 (MQ=255) aGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCTGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCt < 2:77244/128‑1 (MQ=255) aGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCTGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCt > 1:77244/1‑128 (MQ=255) aGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCTGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCt > 1:299503/1‑128 (MQ=255) aGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCTGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCt < 2:299503/128‑1 (MQ=255) aaGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCtt > 1:22393/1‑150 (MQ=255) acgCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCgg < 1:47340/36‑1 (MQ=255) acgCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCgg > 2:47340/1‑36 (MQ=255) aGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTcc < 2:88272/150‑1 (MQ=255) aCAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGc > 2:324025/1‑126 (MQ=255) aCAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGc < 1:324025/126‑1 (MQ=255) aCAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTCCCTGa > 2:385515/1‑150 (MQ=255) aCAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTACCTGa > 1:230951/1‑150 (MQ=255) cTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTCCCTGActgc > 1:102074/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTCCCTGActgcc < 1:61383/150‑1 (MQ=255) tGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTCCCTGActgccctgc > 2:425152/1‑150 (MQ=255) ttGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAggg > 2:443510/1‑100 (MQ=255) ttGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAggg < 1:443510/100‑1 (MQ=255) | CGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGCCGCTACTAAGCGACCCGTCCGCCGCTAGAACCTTGATAGCCGGCTGCACCCTTCAGGGGTGTGGCGCGGCCTTCGGCTGCCTTGAATTCCCTGACTGCCCTGC > NC_002947/105734‑106020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |