Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,075,803 | T→G | 14.3% | A172A (GCT→GCG) | mreB → | cell wall structural actin‑like protein MreB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,075,803 | 0 | T | G | 14.3% | 50.7 / 6.0 | 28 | A172A (GCT→GCG) | mreB | cell wall structural actin‑like protein MreB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/14); new base G (2/2); total (12/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.80e-01 |
TCACGAGAACAGCTTCCTGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCGGTACCACTGAAATCGCCCTGATCTCGCTGAACGGCGTGGTCTATGCCGAGTCCGTCCGCGTTGGCGGTGACCGCTT > NC_002947/1075656‑1075943 | tCACGAGAACAGCTTCCTGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCGGTGCAAGTCCACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGc < 2:346657/150‑1 (MQ=255) aCGAGAACAGCTTCCTGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCa > 2:356943/1‑150 (MQ=255) aCAGCTTCCTGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGGGGGACATGGGGGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTg > 1:52726/1‑150 (MQ=255) aGCTTCCTGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGAGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGcc > 1:103364/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTTCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGc > 1:213474/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGc > 2:83087/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGaa < 1:319082/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGaa < 1:404586/150‑1 (MQ=255) cccGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGAGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAaga < 2:103364/150‑1 (MQ=255) ccgtgcAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGgtcgtc > 1:282782/1‑150 (MQ=255) gcAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGata < 1:260219/150‑1 (MQ=255) gcAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCAGCGGCCATc > 1:372787/1‑101 (MQ=255) gcAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCAGCGGCCATc < 2:372787/101‑1 (MQ=255) gcAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCAGCGGCCATc < 2:151593/101‑1 (MQ=255) gcAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCAGCGGCCATc > 1:151593/1‑101 (MQ=255) aaGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCTTCGATATc < 2:213474/150‑1 (MQ=255) aGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCg < 1:200672/150‑1 (MQ=255) gACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTgg < 1:83087/150‑1 (MQ=255) aCCCAGGTCGACAGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATAGCGGTGGc < 1:44001/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGGCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCgg > 1:60772/1‑150 (MQ=255) ggTCGAGCGCCGCGCCATCCTCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCGGTAc < 1:356943/150‑1 (MQ=255) cgccATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGACCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCGGTACCACTGAAATCGc > 1:382775/1‑150 (MQ=255) cATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATc < 1:112701/73‑1 (MQ=255) cATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATc > 2:112701/1‑73 (MQ=255) gTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCGGTACCACTGAAATCGCCCTGATCTCGCTGAACGGCGTGGTCTATGCCGAgt < 2:52726/150‑1 (MQ=255) agcgctCCCGATCGCAGCGCAGACGGCCGCTGCCCTCGGTGCCTGCCTGCCGGTTGAAGGGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGAGATCGGTGGCGGTACCACTGAAATCGCCCTGATCTCGCTGAACGGCGTGGTCTATGCCGAgtccgt < 1:4924/145‑1 (MQ=255) tGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCGGTACCACTGAAATCGCCCTGATCTCGCTGAACGGCGTGGTCTATGCCGAGTCCGTCCGCGTTg < 2:235923/150‑1 (MQ=255) gATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCGGTACCACTGAAATCGCCCTGATCTCGCTGAACGGCGTGGTCTATGCCGAGTCCGTCCGCGTTGGCGGTGACCGCtt > 2:267193/1‑150 (MQ=255) | TCACGAGAACAGCTTCCTGCAGCCGAGCCCGCGCGTGCTGATCTGCGTGCCGTGCAAGTCGACCCAGGTCGAGCGCCGCGCCATCCGCGAGTCGGCCCTCGGCGCGGGTGCCCGTGAAGTGTTCCTGATCGAAGAGCCGATGGCCGCTGCCATCGGTGCCGGCCTGCCGGTTGAAGAGGCCCGCGGTTCGATGGTCGTCGATATCGGTGGCGGTACCACTGAAATCGCCCTGATCTCGCTGAACGGCGTGGTCTATGCCGAGTCCGTCCGCGTTGGCGGTGACCGCTT > NC_002947/1075656‑1075943 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |