Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,121,450 | A→G | 20.0% | N296D (AAC→GAC) | PP_0982 → | YjgP/YjgQ family permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,121,450 | 0 | A | G | 20.0% | 47.6 / 10.0 | 30 | N296D (AAC→GAC) | PP_0982 | YjgP/YjgQ family permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/10); new base G (3/3); total (17/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.89e-01 |
CCGAGGAAGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTG > NC_002947/1121301‑1121593 | ccGAGGAAGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCa > 2:351007/1‑150 (MQ=255) aaGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTTGACCcgc < 1:123829/150‑1 (MQ=255) cGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGGCGCGGGTTGACCcgcgaca > 2:272428/1‑144 (MQ=255) cGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGGCGCGGGTTGACCCGCGACa < 1:272428/147‑1 (MQ=255) gAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTc < 2:43314/150‑1 (MQ=255) ttCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAAGGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAgc > 2:289366/1‑150 (MQ=255) cACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAgctgct < 1:373113/150‑1 (MQ=255) cACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAgctgct > 2:373113/1‑150 (MQ=255) gaggGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAg < 2:26587/123‑1 (MQ=255) gaggGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAg > 1:26587/1‑123 (MQ=255) gCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTTGACCcgcga > 2:381117/1‑100 (MQ=255) gCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTTGACCcgcga < 1:381117/101‑2 (MQ=255) gcCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTg > 2:213708/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCTCGGGTAAACCCGCGCCAGGGGCGCTTCATCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTTTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTAcg > 2:165523/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTc < 1:351007/150‑1 (MQ=255) tGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCGGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCgaga < 1:289366/150‑1 (MQ=255) cTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCaaa > 2:150678/1‑150 (MQ=255) tGGTGTTCGTCGTCCCCCTGCTGGCAGTGCCGCTGTGGCGGGACAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTATACATAGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAGGGGAAAAc > 2:43297/1‑150 (MQ=255) tGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAAttct < 1:210163/88‑1 (MQ=255) tGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAAttct > 2:210163/1‑88 (MQ=255) tcgtcgTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGa < 2:414566/150‑1 (MQ=255) tcACGCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCAGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGccc > 1:130965/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGACGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTggg > 1:299115/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGTTCCGGTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTCCCTCAAGCTTCTGCCGGCAATTCCTCTGTACAGGGCCAACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGc < 1:43297/150‑1 (MQ=255) tgctgGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTAACAATGCTCAGTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAGACTGCCGATCGCCCTGGTCa > 2:157608/1‑150 (MQ=255) tgGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCAtgt < 1:213708/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTGGCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGtggtgg < 1:357505/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGt > 1:152593/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCGGGTTGACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCAc > 1:33195/1‑150 (MQ=255) gcgGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCt > 2:240896/1‑150 (MQ=255) cgGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTg > 1:220282/1‑150 (MQ=255) | CCGAGGAAGTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTGTCGCGGGTCAACCCGCGCCAGGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTG > NC_002947/1121301‑1121593 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |