Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,117,163 | G→A | 12.6% | W88* (TGG→TGA) | iorA‑II → | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,117,163 | 0 | G | A | 12.6% | 75.2 / 2.7 | 32 | W88* (TGG→TGA) | iorA‑II | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/16); new base A (2/2); total (14/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
CCCAGTGCGGCGCCTGTTCGGTGCTGGTGGACGGCAATGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGC > NC_002947/4117018‑4117309 | cccAGTGCGGCGCCTGTTCGGTGCTGGTGGACGGCAATGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGGGGTCGCCGCCTGGGTCg > 1:210778/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGTTCGGTGCTGCTCGACGCCCATGCGGTGCGGGCTTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAgg < 2:4477/150‑1 (MQ=255) gcCTGTTCGGTGCTGGTGGACGGCAATGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGa < 1:123844/140‑1 (MQ=255) gcCTGTTCGGTGCTGGTGGACGGCAATGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGa > 2:123844/1‑140 (MQ=255) gTGCTGGTGGACGGCAATGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGc > 1:358247/1‑150 (MQ=255) ggACGGCAATGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTg > 2:332569/1‑150 (MQ=255) aaTGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCt > 2:257223/1‑150 (MQ=255) aaTGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCt < 1:313781/150‑1 (MQ=255) aTGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTg < 1:257223/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGt > 2:101921/1‑138 (MQ=255) gcgcCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGt < 1:101921/138‑1 (MQ=255) gcCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGTGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATg < 1:417416/150‑1 (MQ=255) gTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGcc > 2:202300/1‑150 (MQ=255) ttACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAg < 2:238775/137‑1 (MQ=255) ttACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAg > 1:238775/1‑137 (MQ=255) gTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCgctg < 1:170112/150‑1 (MQ=255) gtgtGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCaa < 2:450820/148‑1 (MQ=255) gtgtGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCaa > 1:450820/1‑148 (MQ=255) caTCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCa < 2:358247/150‑1 (MQ=255) aTCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGAGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAg > 2:154181/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGAGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAg > 2:154214/1‑150 (MQ=255) gAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATc > 1:318325/1‑150 (MQ=255) gCGATCGAAGCCGACCCGGTCGGCAAAGGGGTGGGCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGAt < 2:210778/150‑1 (MQ=255) gCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGc > 2:148030/1‑135 (MQ=255) gCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGc < 1:148030/135‑1 (MQ=255) aGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCAt < 1:202300/150‑1 (MQ=255) cccGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAAc < 2:392112/150‑1 (MQ=255) tCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCtgt < 2:318325/150‑1 (MQ=255) ggCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGc < 1:332569/150‑1 (MQ=255) cgccgcCTGTGACGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGACACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTa > 2:43993/1‑150 (MQ=255) cTGAGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGc < 1:154214/150‑1 (MQ=255) cTGAGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGc < 1:154181/150‑1 (MQ=255) | CCCAGTGCGGCGCCTGTTCGGTGCTGGTGGACGGCAATGTGGTGCGCGCCTGCGTTACCCCGGTGGCCGGTGTGGTGGGGCGTGAGGTCACCACCATCGAGGCGATCGAAGCCGACCCCGTCGGCAAACGGGTGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGC > NC_002947/4117018‑4117309 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |