| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,759,592 | C→T | 18.2% | T79T (ACG→ACA) | pvdP ← | pyoverdine biosynthesis‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,759,592 | 0 | C | T | 18.2% | 39.4 / 4.7 | 22 | T79T (ACG→ACA) | pvdP | pyoverdine biosynthesis‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/9); new base T (2/2); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
CGCCAGCGTAACCGTCCCGGCTTGTCGGCAGGCAAGTCGCCGAGCACCCGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGCCGTATCGGCCAATTCCACGACCGCCTCGCCGGGGGTTTCCGGGAATTCCTCTCGGG > NC_002947/4759446‑4759740 | cgcCAGCGTAACCGTCCCGGCTTGTCGGCAGGCAAGTCGCCGAGCACCCGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGtc < 2:5485/150‑1 (MQ=255) tAACCGTCCCGGCTTGTCGGCAGGCAAGTCGCCGAGCACCCGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTg > 2:273390/1‑150 (MQ=255) gTCGGCAGGCAAGTCGCCGAGCACCCGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGcc > 2:460894/1‑150 (MQ=255) ggcaggcaAGTCGCCGAGCACCCGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGc < 2:170010/150‑1 (MQ=255) gAGCACCCGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCACGCGCTAGGTCGTATGTATGTTACCGCGAATGCTGCGGCCCTGCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGaa < 1:355552/150‑1 (MQ=255) cccGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACAGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGGAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGAcc > 1:226783/1‑150 (MQ=255) ccGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCa > 1:432988/1‑150 (MQ=255) ccGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCa > 2:377195/1‑150 (MQ=255) gcgcAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCCCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTc < 2:336823/150‑1 (MQ=255) gcTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGTGTCTCGCCCTGCAAGccc < 1:230187/86‑1 (MQ=255) gcTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGTGTCTCGCCCTGCAAGccc < 1:230288/86‑1 (MQ=255) gcTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGTGTCTCGCCCTGCAAGccc > 2:230288/1‑86 (MQ=255) gcTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGTGTCTCGCCCTGCAAGccc > 2:230187/1‑86 (MQ=255) tCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGc > 1:157946/1‑150 (MQ=255) gcggTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCGGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTgg < 1:273390/150‑1 (MQ=255) tCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGcc < 2:443842/150‑1 (MQ=255) aGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGcc > 2:110352/1‑147 (MQ=255) aGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGcc < 1:110352/147‑1 (MQ=255) ggTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCGTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGCCGTAt < 1:460894/150‑1 (MQ=255) gAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGCCGTATCGGCCAATTCCACGACCGCCTCGCCGGGGGTTTCCGGGaa < 2:157946/150‑1 (MQ=255) aaTTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGCCGTATCGGCCAATTCCACGACCGCCTCGCCGGGGGTTTCCGGGAATTcc > 2:128333/1‑150 (MQ=255) gCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCGCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGCCGTATCCGCTAATTCCACGACCGCCTCGCCGGGGGGTTCCGGGAATTCCTCTCggg > 2:399251/1‑150 (MQ=255) | CGCCAGCGTAACCGTCCCGGCTTGTCGGCAGGCAAGTCGCCGAGCACCCGATATCGTGGCTCGGCACCGCTGCGCAAGCGCTCGGCGGTATCGAGGTAACCGCGAATGCTGCGGCCCTTCTGCGCAACATCGATGAACAATTCCAGCGTCTCGCCCTGCAAGCCCGGCAAGCCGGCCTGCGCCCCCTTGAACGACCAGCGCCAGATGCCGCGCAAGGTGTCGCCCAGTTGCTGGGTCGCCGTATCGGCCAATTCCACGACCGCCTCGCCGGGGGTTTCCGGGAATTCCTCTCGGG > NC_002947/4759446‑4759740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |