| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,183,577 | T→C | 14.8% | K69E (AAG→GAG) | PP_4563 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,183,577 | 0 | T | C | 14.8% | 61.8 / 4.1 | 27 | K69E (AAG→GAG) | PP_4563 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/10); new base C (2/2); total (15/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
TGCACCACGCAGTAATCACCGATCTTCAGTGGCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGGCAGCAGGATTTCGCCATCGGCGCCGCCGTCC > NC_002947/5183429‑5183716 | tGCACCACGCAGTAATCACCGATCTTCAGTGGCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTg < 2:209603/150‑1 (MQ=255) aGTAATCACCGATCTTCAGTGGCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCgg > 2:262881/1‑150 (MQ=255) cACCGATCTTCAGTGGCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTCGGGCTTCTCGGtggtgg > 2:198866/1‑150 (MQ=255) cACCGATCTTCAGTGGCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTCGGGCTTCTCGGtggtgg > 2:198865/1‑150 (MQ=255) gATCTTCAGTGGCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGAt < 1:456771/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTtct < 1:126001/126‑1 (MQ=255) gCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTtct > 2:126001/1‑126 (MQ=255) ctctTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTc < 1:191782/150‑1 (MQ=255) ctTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCa > 1:351368/1‑150 (MQ=255) gTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGAt < 1:262881/150‑1 (MQ=255) ggCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAac > 2:444451/1‑150 (MQ=255) tCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGt > 1:2029/1‑150 (MQ=255) cAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCaa > 2:490491/1‑150 (MQ=255) gTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCa < 1:490491/150‑1 (MQ=255) ttGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGa > 2:198081/1‑130 (MQ=255) ttGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGa < 1:198081/130‑1 (MQ=255) cccAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCgg > 1:249708/1‑150 (MQ=255) gAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGtt > 2:239074/1‑150 (MQ=255) gCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATg > 1:207240/1‑150 (MQ=255) cGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAgc > 1:275977/1‑150 (MQ=255) tCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGgc > 2:406992/1‑150 (MQ=255) tGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTCGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGgcagca < 1:198866/150‑1 (MQ=255) tGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTCGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGgcagca < 1:198865/150‑1 (MQ=255) ggCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGGCAGCAGGATTTCGCCATc < 1:239074/150‑1 (MQ=255) aCCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGGCAGCAGGATTTc < 1:25038/131‑1 (MQ=255) aCCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGGCAGCAGGATTTc > 2:25038/1‑131 (MQ=255) aCCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGGCAGCAGGATTTCGCCATCGGCGCCGCCGTcc < 2:249708/150‑1 (MQ=255) ttGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCgg > 1:230852/1‑95 (MQ=255) ttGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCgg < 2:230852/95‑1 (MQ=255) | TGCACCACGCAGTAATCACCGATCTTCAGTGGCCGAGCCTCTTCCGAGTACGGCATCAGCAAGTCCTTGGACAGGCCCCAGTCCAGGAAGATACCGGCACCGTTGATGTCCTTGACCTTCAGGCTGGCGAACTCGCCGACCTGCACCTTGGGCTTCTCGGTGGTGGCGATCAGCTGGTCTTCGCTGTCCAGGTAGATGAACACGTTCAACCAGTCATCGACCTCGGTCTCGGCGTTTTTCGGGATGTAGCGCCCGGGCAGCAGGATTTCGCCATCGGCGCCGCCGTCC > NC_002947/5183429‑5183716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |