| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 67,746 | C→T | 13.3% | P352S (CCG→TCG) | PP_0057 → | major facilitator family transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 67,746 | 0 | C | T | 13.3% | 71.1 / 4.2 | 30 | P352S (CCG→TCG) | PP_0057 | major facilitator family transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/15); new base T (2/2); total (13/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
GTTCTTCGGCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGCAGGGCCTGCCGTACAGCTCGGTTAGCGTGGCCGGCAGT > NC_002947/67601‑67892 | gtTCTTCGGCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGAt > 1:249428/1‑150 (MQ=255) ttcGGCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTg > 2:213140/1‑150 (MQ=255) ttcGGCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTg < 1:354001/150‑1 (MQ=255) ttcGGCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTg > 1:479153/1‑150 (MQ=255) ggCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGTCGATCGTg < 2:475079/147‑1 (MQ=255) ggCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGTCGATCGTg > 1:230012/1‑147 (MQ=255) ggCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGTCGATCGTg < 2:230012/147‑1 (MQ=255) ggCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGTCGATCGTg > 1:475079/1‑147 (MQ=255) ttGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCAccgcc > 1:368232/1‑150 (MQ=255) tCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCt < 2:368232/150‑1 (MQ=255) ggCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCTCCGCCTACCCGCAAGGCTGc < 2:346755/150‑1 (MQ=255) cGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGcaca > 1:83412/1‑150 (MQ=255) gCCGATTCTGATGCTCGGCCTGTTGGTGGCCATGGTACTGTACTTCCCACTGTTCACGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCATGGCTGCACATTCCa < 2:25361/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGCCCCCGTg < 2:83412/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGAc > 2:300863/1‑116 (MQ=255) tCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGAc < 1:300863/116‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAg < 1:213140/150‑1 (MQ=255) gCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCa > 1:172128/1‑122 (MQ=255) gCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCa < 2:172128/122‑1 (MQ=255) tgtactTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCCCTACGCGAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGt > 1:398368/1‑150 (MQ=255) tactTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGtt < 2:288020/136‑1 (MQ=255) tactTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGtt > 1:288020/1‑136 (MQ=255) ccACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACCTTCAAGCTCCACCCCGTGCGCCAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAg < 1:455714/150‑1 (MQ=255) aCTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGCCCCCGTGGGAAAGGCGCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGt < 1:259520/150‑1 (MQ=255) aCTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGc > 2:224309/1‑122 (MQ=255) aCTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGc < 1:224309/122‑1 (MQ=255) gCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGCAGGGCCTGCCGTa < 2:249428/150‑1 (MQ=255) aTCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGGAGGGCCTGCCGTACAGc > 2:115264/1‑150 (MQ=255) gCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGCAGGGCCTGCCGTACAGCTCGGTTAGc < 2:482924/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGCAGGGCCTGCCGTACAGCTCGGTTAGCGTGGCCGGCa < 1:237909/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGCAGGGCCTGCCGTACAGCTCGGTTAGCGTGGCCGGCAGt > 1:464096/1‑150 (MQ=255) gcgcCGATCGCGGTCCCCGCCGCACCGCAAGGCTGCTCATTACAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGCAGGGCCTGCCGTACAGCTCGGTTAGCGTGGCCGGCAGt < 2:150851/150‑1 (MQ=255) | GTTCTTCGGCTGGTTGTCCGACCGTATCGGCCGCAAGCCGATCCTGATGCTCGGCCTGTTGCTGGCCACGGTACTGTACTTCCCACTGTTCAAGGCGCTGAGCCACTACGCCAACCCGCAGATCGACGCTGCCAGCCGTCAGGCGCCGATCGTGGTCACCGCCGACCCGCAAGGCTGCACATTCCAGTTCGACCCCGTGGGCAAGGCTCGTTTTGACAGCCCGTGCGACAAGGTCAAGACCTTCCTGGTCAAGCAGGGCCTGCCGTACAGCTCGGTTAGCGTGGCCGGCAGT > NC_002947/67601‑67892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |