| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 697,242 | G→A | 24.0% | intergenic (+166/‑585) | mmsA‑I → / → PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 697,242 | 0 | G | A | 24.0% | 43.5 / 9.6 | 25 | intergenic (+166/‑585) | mmsA‑I/PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/9); new base A (3/3); total (13/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
GGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCAC > NC_002947/697093‑697368 | ggggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCgg > 1:439520/1‑150 (MQ=255) ccGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTcaca < 2:246435/150‑1 (MQ=255) cGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAg < 1:223941/150‑1 (MQ=255) aGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGGTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc < 2:102488/150‑1 (MQ=255) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTg > 1:309497/1‑150 (MQ=255) tGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTgg < 1:489969/150‑1 (MQ=255) gggggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGCAAGGGTTGTGGCg < 1:21455/145‑1 (MQ=18) gggggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGCAAGGGTTGTGGCg > 2:21455/1‑145 (MQ=18) ggaggaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCATTGAAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCtt > 1:60584/1‑150 (MQ=255) 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gAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTATTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCAc > 1:32195/1‑150 (MQ=255) | GGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCAC > NC_002947/697093‑697368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |