| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,745,342 | T→C | 18.1% | E154G (GAG→GGG) | PP_1543 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,745,342 | 0 | T | C | 18.1% | 45.0 / 2.5 | 22 | E154G (GAG→GGG) | PP_1543 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/8); new base C (2/2); total (12/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTGACGGGCGCGCAGTCGACTGAGGCTGGCTGGCAGCGAAGGACAGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGGCGCCGCCGCACTCATCGAGCGAGCTGGTGTGTCGAACATCCTCAGCCTCGTCGAGCAGGCTTCGGGCATCT > NC_002947/1745209‑1745479 | tgtTGACGGGCGCGCAGTCGACTGAGGCTGGCTGGCAGCGAAGGACAGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTcggccgg > 1:406708/1‑150 (MQ=255) cAGCGAAGGAGAGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCCTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCa < 2:230182/150‑1 (MQ=255) gAAGGACAGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTc < 2:429380/105‑1 (MQ=255) gAAGGACAGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGATGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTc > 1:429380/1‑105 (MQ=255) aGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGt < 2:393311/109‑1 (MQ=255) aGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGt > 1:393311/1‑109 (MQ=255) gTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGt < 1:20406/150‑1 (MQ=255) aggaggCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTggg > 1:300619/1‑150 (MQ=255) ggaggCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGAGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGgc > 1:89055/1‑150 (MQ=255) tATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGGcgccgcc > 1:47600/1‑150 (MQ=255) gAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCCCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATAcgc > 1:37156/1‑116 (MQ=255) gAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCCCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATAcgc > 1:37110/1‑116 (MQ=255) gAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCCCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATAcgc < 2:37110/116‑1 (MQ=255) gAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCCCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATAcgc < 2:37156/116‑1 (MQ=255) aaCTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTggg > 2:318188/1‑136 (MQ=255) aaCTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTggg < 1:318188/136‑1 (MQ=255) cTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGGCGCCGCCGCACTCATc < 2:406708/150‑1 (MQ=255) gggCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAgtcgt > 1:409974/1‑90 (MQ=255) gggCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAgtcgt < 2:409974/90‑1 (MQ=255) tgcGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGGCGCCGCCGCACTCATCGAGCGAGCTGGTGTGTCGAACATCCTc < 2:300619/150‑1 (MQ=255) tgCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGGCGCCGCCGCACTCATCGAGCGAGCTGGTGTGTCGAACATCCTCAGCCtcgt > 2:158443/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGGCGCCGCCGCACTCATCGAGCGAGCTGGTGTGTCGAACAGCCTCATCCTCGTCGAGCAGGCTTCGGGCAtct > 2:449575/1‑150 (MQ=255) | TGTTGACGGGCGCGCAGTCGACTGAGGCTGGCTGGCAGCGAAGGACAGTCAGGAGGCTATCGGGAACTGTTTGGCAAGGGCCTGCTGAACTGCTGCGATGATGCGGCAGAGGTAGTCCCAGTCAGGGTTGCGCTCCATGGCGTCGGCCGGCAGGTTCCACCAGTCGTCACCGAATACGCGGTGCAGGAACTCGCGGTGGGCGCCGCCGCACTCATCGAGCGAGCTGGTGTGTCGAACATCCTCAGCCTCGTCGAGCAGGCTTCGGGCATCT > NC_002947/1745209‑1745479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |