| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,072,728 | C→T | 19.7% | L241L (CTG→CTA) | PP_1847 ← | TonB‑dependent ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,072,728 | 0 | C | T | 19.7% | 38.9 / 4.9 | 22 | L241L (CTG→CTA) | PP_1847 | TonB‑dependent ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/10); new base T (2/2); total (10/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
GGTTCAGCGAGTCGTTCTGCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGAACTGCTTTTCGCTGCCG > NC_002947/2072583‑2072869 | ggTTCAGCGAGTCGTTCTGCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCt < 2:322178/150‑1 (MQ=255) tCAGCGAGTCGTTCTGCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCa > 2:292436/1‑150 (MQ=255) tCAGCGAGTCGTTCTGCACGGGCGTGGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTACCCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCa < 2:237508/150‑1 (MQ=255) tCGTTCTGCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCa > 1:43430/1‑150 (MQ=255) ttCTGCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGTTCTATACCGTGGGGCACGTCAGTACCCCCGAGCAGTTGGTAACACGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCGAGCTGCTGGGTGGCGTcc > 2:398375/1‑150 (MQ=255) cTGCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCgg < 1:442292/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGt > 1:95706/1‑139 (MQ=255) gCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGt < 2:95706/139‑1 (MQ=255) cTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTg < 2:65533/150‑1 (MQ=255) tttGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGc < 2:43430/150‑1 (MQ=255) ggTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCa < 1:292436/150‑1 (MQ=255) tCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTcg < 1:83443/150‑1 (MQ=255) tGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCTAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAg > 2:171907/1‑150 (MQ=255) tGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCTAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAg > 2:171910/1‑150 (MQ=255) tGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGc > 1:261466/1‑150 (MQ=255) tCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGAt > 1:145564/1‑150 (MQ=255) ggCACCGACGCCTGTGCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGGCGCGCTTGCCGTCAGCGTAGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTg < 1:398375/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGa > 1:246946/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTGGCGGGCAGGCCGAACTGCt < 2:145564/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTACTCGGCATCTAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGAACTGCttt < 1:171910/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTACTCGGCATCTAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGAACTGCttt < 1:171907/150‑1 (MQ=255) tCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTGGCGCACAGGCCGAACTGCTTTTCGCTGCCg > 1:260134/1‑150 (MQ=255) | GGTTCAGCGAGTCGTTCTGCACGGGCTTTGCCCAATGCTGGTAGGCCAGGCGGTCTTCCGGGTCGATGCCGTGGGGCACGTCAGTGCCTCCGAGCAGTTGGTAACCCGGCACCGACGCCTGTTCGCGGTGCTGGTACTCGGCATCCAGCTGCAGGGTGGCATCCGGGTTGATCTGCCAGTCGAATGCCAGCGATGCGAAGTCGCGCTTGCCGTCAGCGTGGTCGACGTAGGTGCGGATGTCTTCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGAACTGCTTTTCGCTGCCG > NC_002947/2072583‑2072869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |