| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5119663 | 34 (1.540) | 4 (0.200) | 4/228 | NT | 10.9% | intergenic (+48/+83) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
| ? | NC_002947 | = 5119680 | 35 (1.780) | intergenic (+65/+66) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein | |||||
CATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTT > NC_002947/5119526‑5119804 | cATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAacagcatccaca > 2:33075‑M1/1‑138 (MQ=255) tGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGc < 1:276216/150‑1 (MQ=255) gATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTtgtaggagc < 1:264637‑M2/150‑10 (MQ=255) gCTGGATAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCTAGGCGTCTTCGCGGGTAAACTCGCTCCTACAGGAGATGTGGATGCTGTtgtaggagcggg > 2:192067‑M2/1‑138 (MQ=255) cTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAacagcatccacatcccctgaaggagcgggt < 1:33075‑M1/150‑31 (MQ=255) ggtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATg > 2:65485/1‑150 (MQ=255) gtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGCGCACATCGGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGCCAACCCGCGAAGAGGCCGGATGc > 1:178439/1‑150 (MQ=255) tgGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGa < 2:133837/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTtgtaggagcgg > 2:392915‑M2/1‑108 (MQ=255) ggCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTtgtaggagcgg < 1:392915‑M2/119‑12 (MQ=255) gCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGGGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGGGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGGGGGCTTATGCCTTGATg < 2:82132/150‑1 (MQ=38) ccAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGAAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGc > 1:473804/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAg > 1:364038/1‑89 (MQ=255) cAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAg < 2:364038/89‑1 (MQ=255) aGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCAt < 1:241875/150‑1 (MQ=255) cTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGaa < 2:264637/150‑1 (MQ=255) gAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCa > 1:27448/1‑150 (MQ=255) gAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCa < 1:508101/150‑1 (MQ=255) cccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAacagcatccacatcccctgtaggagcgg > 2:199195‑M1/1‑75 (MQ=255) cccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAacagcatccacatcccctgtaggagcgg < 1:199195‑M1/103‑29 (MQ=255) ccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAt < 1:513916/125‑1 (MQ=255) ccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAt > 2:513916/1‑125 (MQ=255) ccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCa > 2:287677/1‑148 (MQ=255) ccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCa < 1:287677/148‑1 (MQ=255) ccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAg < 2:559280/150‑1 (MQ=255) cTGGAGCGGCAGGAAATGAAAGGGGGGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAgg < 2:272288/150‑1 (MQ=38) ggAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGtt > 1:169133/1‑150 (MQ=255) gAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTa < 2:27448/150‑1 (MQ=255) aGCGGCAGGAAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTAc < 2:473804/150‑1 (MQ=255) gcaggcagTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc < 2:302501/98‑1 (MQ=255) gcaggcagTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc > 1:302501/1‑98 (MQ=255) agTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAgg < 1:228080/99‑1 (MQ=255) agTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAgg > 2:228080/1‑99 (MQ=255) agTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGc < 1:65485/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCACAAGAGCTGAAGAGTGAAGCAGCCCAAGGCCAGTTTACTCACCCCAGCTACTAACGaaaa > 2:15041/1‑149 (MQ=37) cAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTCATGCATGAATCAGCGCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATc > 1:7115/1‑150 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCa < 1:118324/150‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCa < 1:118199/150‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCAGGTGATGTGGATGTTGTTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCa < 1:424305/150‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTtg < 2:457024‑M2/37‑3 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTtg > 1:457024‑M2/1‑35 (MQ=255) aCCCGCTCCTTCAGGGGATGTGGATGCTGTtgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtggatgattctccag < 1:33075‑M2/150‑121 (MQ=255) cccGCTCCTACAacagcatccacatctcctgtaggagcgagtttacccgcgaagacgcctagcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtggatgattatccagc > 2:192067‑M1/1‑12 (MQ=255) cccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCcgcg > 2:96346/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACAacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggcc > 2:392915‑M1/1‑11 (MQ=255) ccGCTCCTACAacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggcc < 1:392915‑M1/119‑109 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTtgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaaggg < 1:199195‑M2/103‑76 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTtgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaaggg > 2:199195‑M2/1‑28 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAAt > 1:557509/1‑119 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAAt < 2:557509/119‑1 (MQ=255) gCTCCTACAacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtggatgattctccagcatc < 1:264637‑M1/150‑142 (MQ=255) tCCTACAGGGGATGTGGATTCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAg < 1:544745/128‑1 (MQ=255) tCCTACAGGGGATGTGGATTCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAAGCAGCCGTTGCCAg > 2:544745/1‑128 (MQ=255) caacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacc > 1:457024‑M1/1‑2 (MQ=255) caacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacc < 2:457024‑M1/37‑36 (MQ=255) | CATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTT > NC_002947/5119526‑5119804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |