| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,781,913 | G→T | 8.0% | R1816S (CGT→AGT) | pvdJ ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,781,913 | 0 | G | T | 8.0% | 154.8 / 2.3 | 50 | R1816S (CGT→AGT) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/21); new base T (2/2); total (27/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
CCACGCCTTGGCCGTGACGCCGGCTTCGGCGCCCGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTT > NC_002947/4781770‑4782060 | ccACGCCTTGGCCGTGACGCCGGCTTCGGCGCCCGGCAACCGGACACGC‑TCGGGACCGCCGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACTGTcgcc > 2:333010/1‑150 (MQ=255) aCGCCTTGGCCGTGACGCCGGCTTCGGCGCCCGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTcgccgc > 1:321006/1‑150 (MQ=255) gCCGTGACGCCGGCTTCGGCGCCCGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGAGCGGCGACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGt > 1:283593/1‑150 (MQ=255) gCCGGCTTCGGCGCCCGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTaa > 2:501846/1‑150 (MQ=255) ggCTTCGGCGCCCGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAg > 2:36954/1‑150 (MQ=255) cGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGcc > 1:3903/1‑150 (MQ=255) cGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGACCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCAACCGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTCGCGTTGCAGTAACACTGCCCAGGCGcc > 2:200118/1‑150 (MQ=255) gACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAg < 2:170622/150‑1 (MQ=255) 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tGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCAACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACt > 2:139005/1‑150 (MQ=255) gTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACtg > 1:168602/1‑150 (MQ=255) gTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACtg < 1:360590/150‑1 (MQ=255) gatgaACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGa < 2:247677/137‑1 (MQ=255) gatgaACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGa > 1:247677/1‑137 (MQ=255) 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cccGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGgc < 2:321006/150‑1 (MQ=255) ccTGCATCGCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGAGTTGCAGTAACGGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCa > 1:104096/1‑150 (MQ=255) cTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGgcgcagc < 2:545683/143‑4 (MQ=255) cTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGgcgcagc > 1:545683/1‑140 (MQ=255) aTCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTgc > 2:228964/1‑150 (MQ=255) gggAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCtt < 1:467637/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACTGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCgg < 1:333010/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCgg < 1:208304/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCgg > 1:254878/1‑150 (MQ=255) cGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGt > 1:547343/1‑150 (MQ=255) cGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGt > 2:497307/1‑150 (MQ=255) gCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCa < 1:497307/150‑1 (MQ=255) ccGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACTGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAg < 1:474039/150‑1 (MQ=255) cGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAgg > 2:474797/1‑150 (MQ=255) gACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCACGGGTCAGGt < 1:501846/150‑1 (MQ=255) ggCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTacac < 2:162068/150‑1 (MQ=255) ccACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCa < 1:36954/150‑1 (MQ=255) ccACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAATGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACAGTCAACTGTGCCGCCTGAGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCa > 2:17060/1‑150 (MQ=255) aCGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGc < 2:168602/150‑1 (MQ=255) aCGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGc < 2:3903/150‑1 (MQ=255) ccGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGcc < 2:283593/150‑1 (MQ=255) ccGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGcc > 2:520768/1‑150 (MQ=255) cGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCa < 2:469569/150‑1 (MQ=255) cGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCa > 2:14067/1‑150 (MQ=255) cacGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCATGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACtgctgc > 2:367707/1‑150 (MQ=255) aCGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGtt < 2:273920/150‑1 (MQ=255) | CCACGCCTTGGCCGTGACGCCGGCTTCGGCGCCCGGCAACCGGACCCGCAGCGGGA‑TGCTGTTGATGAACAGCCCGACGGTAGCCTGCATCTCGGGGAATTCCACCGGCCGACCGGCCACGGTCACCCCGAACACCACGTCACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTT > NC_002947/4781770‑4782060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |