Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,178,698 | G→A | 13.6% | P146S (CCT→TCT) | atpA ← | ATP synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,178,698 | 0 | G | A | 13.6% | 70.6 / 3.7 | 31 | P146S (CCT→TCT) | atpA | ATP synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/15); new base A (2/2); total (14/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
CACAGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAACCGGAA > NC_002947/6178551‑6178841 | cacaGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCt < 2:278816/150‑1 (MQ=255) acaGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTg < 2:207976/150‑1 (MQ=255) acaGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTg < 1:547780/150‑1 (MQ=255) aaTACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTAc < 1:444212/150‑1 (MQ=255) tACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGTGTCGACGGATTTGTAACCAGCCTGTACAGACTGGttacaaa < 1:517285/150‑7 (MQ=255) cGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACt > 2:351803/1‑150 (MQ=255) tttCTGGTTGATGATGGCGGCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCa > 1:450428/1‑150 (MQ=255) tgatgGCGTCGATGCCCATGGCGGTCATACCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGTGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTg < 2:326152/150‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTtctc < 2:294258/150‑1 (MQ=255) ttGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTc > 2:54913/1‑150 (MQ=255) gCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTg < 1:305016/150‑1 (MQ=255) ccGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTCCGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCtcg < 2:118614/150‑3 (MQ=255) cTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCAACGCCCGCCAAGCATTCTGGCCACGACGAATTTCAAACCGCGTGGAATAACCTGCTCTACCTTCTTGCGCCATATCACGCCTGTAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGtt > 2:487697/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGt < 1:261826/137‑1 (MQ=255) tGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGt > 2:261826/1‑137 (MQ=255) gCGTCGACGTATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGa < 1:24133/150‑1 (MQ=255) gACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTgg > 2:295352/1‑88 (MQ=255) gACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTgg < 1:295352/88‑1 (MQ=255) aCGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTTGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCcagc > 2:552789/1‑150 (MQ=255) ggATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGGCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCcagcag > 1:45727/1‑150 (MQ=255) gaCCAGCCTGTACAGACTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTAc > 2:318284/2‑150 (MQ=255) cAGCCTGTACAGACTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCaa > 1:411449/1‑150 (MQ=255) gccTGTACAGACTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGTGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAAcc < 1:318284/148‑1 (MQ=255) gTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAAcc > 1:343988/1‑150 (MQ=255) gTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAACCGGaa > 2:116351/1‑150 (MQ=255) | CACAGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAACCGGAA > NC_002947/6178551‑6178841 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |