Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 45,680 | C→G | 9.3% | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I ← / ← PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 45,680 | 0 | C | G | 9.3% | 131.2 / 5.3 | 43 | intergenic (‑156/+47) | cadA‑I/PP_0042 | cadmium translocating P‑type ATPase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/21); new base G (2/2); total (20/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
TGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGCAGGTA > NC_002947/45538‑45829 | tGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTgg > 1:120379/1‑150 (MQ=255) tGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTgg > 2:202346/1‑150 (MQ=255) tGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTGGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTgg < 1:223321/150‑1 (MQ=255) gggTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCa 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1:202346/150‑1 (MQ=255) ttggCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACttgttgttg > 1:44640/1‑150 (MQ=255) tggCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGa < 1:509463/150‑1 (MQ=255) tAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCa > 1:202127/1‑150 (MQ=255) tAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCa > 1:157241/1‑150 (MQ=255) tCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCg > 2:470948/1‑150 (MQ=255) 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ccAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTc > 2:463330/1‑150 (MQ=255) gTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGc < 1:361289/150‑1 (MQ=255) gTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATACCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGc > 2:409969/1‑150 (MQ=255) tAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGt > 2:503128/1‑150 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTta < 1:492298/92‑1 (MQ=255) aTTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTta > 2:492298/1‑92 (MQ=255) gAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAAtt > 1:468229/1‑68 (MQ=255) gAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAAtt < 2:468229/68‑1 (MQ=255) gAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGa > 1:231236/1‑150 (MQ=255) gAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCACGTGTTAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTTCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGa > 1:14510/1‑150 (MQ=255) tATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTg > 1:347767/1‑137 (MQ=255) tATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTg < 2:347767/137‑1 (MQ=255) aaaaaaTGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGa < 1:463330/150‑1 (MQ=255) aTGCCAGGCAGTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAg > 2:157516/1‑130 (MQ=255) aTGCCAGGCAGTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAg < 1:157516/130‑1 (MQ=255) cAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTc < 2:395936/119‑1 (MQ=255) cAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTc > 1:395936/1‑119 (MQ=255) cTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGCAGGTa > 1:478957/1‑150 (MQ=255) | TGGGGTCAAGGCTTCCAATTGCCCTCTGCAGTTGGGGAGCCGTCTCTGTTGGTTGGCTAAGATCTATTGCACGGTTTGCCCGAGCCCAGGCGTTAACATTTCGAAGCTATGGGGTATCGGGCGTAATAAAAAATGCCAGGCACTGCCTGGCATTTATGAATTCTCTAATTGTTCTGTTCAAATCGTTTACTACTTGTTGTTGATGCATTGCGAATACATCGAGTAACGAACAGTCTTGAGCGTGCCCTGGGAGTCCTCGAAGGTCATCAACCGTGGATAGACCTGGCAGGTA > NC_002947/45538‑45829 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |