| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,140,732 | T→C | 17.4% | Q81R (CAG→CGG) | arcA ← | arginine deiminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,140,732 | 0 | T | C | 17.4% | 47.0 / 4.2 | 23 | Q81R (CAG→CGG) | arcA | arginine deiminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/10); new base C (2/2); total (11/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
CCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAACAGCAGTTCGT > NC_002947/1140583‑1140861 | ccTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCt < 1:384932/150‑1 (MQ=255) ccACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGatat < 2:351344/150‑1 (MQ=255) ccgATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCACCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTcagc < 2:46099/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCa < 1:522987/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATAGCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAg < 1:525061/150‑1 (MQ=255) aGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCcacgccacgc > 1:541504/1‑150 (MQ=255) gAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCAt > 1:559240/1‑150 (MQ=255) aCTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCa > 1:26445/1‑112 (MQ=255) aCTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCa < 2:26445/112‑1 (MQ=255) cTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGATCGCGCATCTTGGTGACGAAGt > 2:32509/1‑150 (MQ=255) cTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCCGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCt > 2:453451/1‑150 (MQ=255) cTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCCGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCt > 2:453410/1‑150 (MQ=255) cGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACAt > 1:258227/1‑99 (MQ=255) cGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACAt < 2:258227/99‑1 (MQ=255) cGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGt < 1:8912/150‑1 (MQ=255) cGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTgg < 1:212854/97‑1 (MQ=255) cGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTgg > 2:212854/1‑97 (MQ=255) ggTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGTTc < 1:562580/115‑1 (MQ=255) ggTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTc > 2:562580/1‑115 (MQ=255) cGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCCGCACGATCTCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAAca < 1:453451/150‑1 (MQ=255) cGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCCGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAAca < 1:453410/150‑1 (MQ=255) gAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCa > 1:220169/1‑86 (MQ=255) gAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCa < 2:220169/86‑1 (MQ=255) aCTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAACAGCAGTTCGt > 1:67572/1‑150 (MQ=255) | CCTGGCCCGCCACGCCGCCGATCAGGAATTCGGCCAGGTGGCGTGGCTCCAGGCCTTCGAGCCAGCTACGCACTTCGTTGGTCAGGCCTACGCCGACGGTGTCAGGGGTGATCTTGCGGTCGAGGATCCACTTGAGCGCCTCTTTGTTCTGCACGATATCGGTCAGCAGGTTGTGCATCTCCAGCACATCCACGCCACGCTCGCGCATCTTGGTGACGAAGTCGAAATGGTCACGCTTGGCCTGGTCGACCCAGATCACGTCGTCGAACAGCAGTTCGT > NC_002947/1140583‑1140861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |