| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,812,002 | C→T | 10.2% | R153H (CGC→CAC) | PP_1615 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,812,002 | 0 | C | T | 10.2% | 104.0 / 3.1 | 39 | R153H (CGC→CAC) | PP_1615 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/20); new base T (2/2); total (17/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GTAGCGCCCACAAGTCCGAACTCCCCACCAGGCAATTGTGCCGCGCCAGCTCCGACAGGCTGTGTGGCCGGCCATAGCGCTCAAGATAGGCCGGCGAAACACACAGGTACATGCGCCTTGGCGCCAGGCGGGTAGCCACCAGGCGAGAGTCGGCCAGGCGGCCAAGACGGATGGCCAGGTCCATGCCTTCATGCAGCAGGTCGAGGGTGTGGTTGCTCAGCTCCACATCCACGCGCAACTGCGGGTACAGCGCCATGAATCGCGTCACCAGCGGCACGATGAAGCG > NC_002947/1811859‑1812144 | gTAGCGCCCACAAGTCCGAACTCCCCACCAGGCAATTGTGCCGCGCCAGCTCCGACAGGCTGTGTGGCCGGCCATAGCGCTCAAGATAGGCCGGCGAAACACACAGGTACATGCGCCTTGGCGCCAGGCGGGTAGCCACCAGGCGAGAGt > 2:113427/1‑150 (MQ=255) cccACAAGTCCGAACTCCCCACCAGGCAATTGTGCCGCGCCAGCTCCGACAGGCTGTGTGGCCGGCCATAGCGCTCAAGATAGGCCGGCGAAACACACAGGTACATGCGCCTTGGCGCCAGGCGGGTAGCCACCAGGCGAGAGTCGGCCa > 1:241937/1‑150 (MQ=255) aaGTCCGAACTCCCCACCAGGCAATTGTGCCGCGCCAGCTCCGACAGGCTGTGTGGCCGGCCATAGCGCTCAAGATAGGCCGGCGAAACACACAGGTACATGCGCCTTGGCGCCAGGCGGGTAGCCACCAGGCGAGAGTCGGCCAggcgg < 1:237736/150‑1 (MQ=255) aaCTCCCCACCAGGCAATTGTGCCGCGCCAGCTCCGACAGGCTGTGTGGCCGGCCATAGCGCTCAAGATAGGCCGGCGAAACACACAGGTACATGCGCCTTGGCGCCAGGCGGGTAGCCACCAGGCGAGAGTCGGCCAGGCGGCCAAGAc < 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(MQ=255) | GTAGCGCCCACAAGTCCGAACTCCCCACCAGGCAATTGTGCCGCGCCAGCTCCGACAGGCTGTGTGGCCGGCCATAGCGCTCAAGATAGGCCGGCGAAACACACAGGTACATGCGCCTTGGCGCCAGGCGGGTAGCCACCAGGCGAGAGTCGGCCAGGCGGCCAAGACGGATGGCCAGGTCCATGCCTTCATGCAGCAGGTCGAGGGTGTGGTTGCTCAGCTCCACATCCACGCGCAACTGCGGGTACAGCGCCATGAATCGCGTCACCAGCGGCACGATGAAGCG > NC_002947/1811859‑1812144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |