Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,216,535 | G→T | 21.9% | intergenic (+96/‑223) | PP_5493 → / → PP_5494 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,216,535 | 0 | G | T | 21.9% | 43.1 / 5.7 | 22 | intergenic (+96/‑223) | PP_5493/PP_5494 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/7); new base T (2/3); total (12/10) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 |
GTATATCGAGGTGGTTTCAGTGGAGCGAGTTTAACTAGTCCTGCTGGGCGGTCAGGTGTGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTATAATAATTCCTGTGGTACTGGGGGTCATAACCCTTTTGGCTTGGCTTTATTACCCGCGAATGGGCGTGG > NC_002947/2216406‑2216680 | gTATATCGCGGTGGTTTCCGTGGAGCGAGTTTAACTAGTCCTGCTGGGCGGTCAGGTGTGGCCAAAGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGAGCTCTCGTTGGTGTCTGTTGTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCtt > 2:252773/1‑150 (MQ=255) ggAGCGAGTTTAACTAGTCCTGCTGGGCGGTCAGGTGTGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAAcc > 2:91199/1‑150 (MQ=255) gTCCTGCTGGGCGGTCAGGTGTGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTg > 1:137893/1‑150 (MQ=255) ctgctgGGCGGTCAGGTGTGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGtat < 2:55393/150‑1 (MQ=255) tgGGCGGTCAGGTGTGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGt < 2:71830/150‑1 (MQ=255) cAGGTGTGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTc < 2:137893/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGAt > 1:424792/1‑83 (MQ=255) gtgtGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGAt < 2:424792/83‑1 (MQ=255) aGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTTATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTATAATAATTCCtg < 2:500142/150‑1 (MQ=255) ggTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTTATTATGATTTGTAAAg > 1:140813/1‑74 (MQ=255) ggTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTTATTATGATTTGTAAAg < 2:140820/74‑1 (MQ=255) ggTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTTATTATGATTTGTAAAg < 2:140813/74‑1 (MQ=255) ggTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTTATTATGATTTGTAAAg > 1:140820/1‑74 (MQ=255) gTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTataat < 1:514932/137‑1 (MQ=255) gTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTataat > 2:514932/1‑137 (MQ=255) tAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTATAATAATTCCTGTGGTAc > 1:456818/1‑150 (MQ=255) aTTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTATAATAATTCCTGTGGTACTGGGGGTCa > 2:224599/1‑150 (MQ=255) tAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGtat > 1:512330/1‑103 (MQ=255) tAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGtat < 2:512330/103‑1 (MQ=255) aTTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTATAATAATTCCTGTGGTATTGGGGGTCATAAccc > 2:544644/1‑150 (MQ=255) taATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGCCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGCTACCACTTCTGTATAATAATTCCTGTGGTACTGGGGGTCATAACCCTTTTGGCTTGGCTTTATTACCCGCGAATGGGCGTg < 1:252773/150‑1 (MQ=255) aaTTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTATAATAATTCCTGTGGTACTGGGGGTCATAACCCTTTTGGCTTGGCTTTATTACCCGCGAATGGGCGTgg > 2:533110/1‑150 (MQ=255) | GTATATCGAGGTGGTTTCAGTGGAGCGAGTTTAACTAGTCCTGCTGGGCGGTCAGGTGTGGCCAATGGAGTTGGTAATTTACAATTCTAATTGGTGCTCTAGTTGGTGTGTGTTTTGGGTCTTATAATTGATTATGATTTGTAAAGGCTTAGTCGGCAATTGGTCGGAACCGGTTAAAGTTTTTCTGTATAGGTACCGCTTCTGTATAATAATTCCTGTGGTACTGGGGGTCATAACCCTTTTGGCTTGGCTTTATTACCCGCGAATGGGCGTGG > NC_002947/2216406‑2216680 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |