Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,735,035 | G→A | 26.7% | T630T (ACG→ACA) | PP_2394 → | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,735,035 | 0 | G | A | 26.7% | 18.0 / 5.5 | 15 | T630T (ACG→ACA) | PP_2394 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/6); new base A (2/2); total (7/8) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.46e-01 |
ACCGGTCGCTGGCGATTCATGGCCTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCATGCGCCTTCCACAAGCCGCCGGCAAGGAAGGAGCAGCGTTGGCCGATGTGGCTTGGGCCGGGCGACGAGAACTGCTTCAGGCGTT > NC_002947/2734908‑2735181 | aCCGGTCGCTGGCGATTCATGGCCTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAgg < 1:441098/150‑1 (MQ=255) ccGGTCGCTGGCGATTCATGGCCTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAggg > 2:497450/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGCGATTCATGGCCTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGgt < 1:227480/150‑1 (MQ=255) ccTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCa > 1:12653/1‑150 (MQ=255) cTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACATTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCaa > 2:231066/1‑150 (MQ=255) cTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGAACGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACATTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCaa > 2:163495/1‑150 (MQ=255) gggCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCATgc < 2:12653/150‑1 (MQ=255) ggcatgTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACATTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCATGCGCCTTc < 1:163495/150‑1 (MQ=255) ggcatgTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACATTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCATGCGCCTTc < 1:231066/150‑1 (MQ=255) ggAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAAGGCGGTGTACCCGTAGACCAGTTGCGCCAGGTCCTTGTCATGCGCCTTCCACAAGCCGCCGGCaaggaagg < 1:154447/150‑1 (MQ=255) tgctCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCATGCGCCTTCCACAAGCCGCCGGCAAGGAAGGAGCAGCGTTgg > 2:394327/1‑150 (MQ=255) tCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCCAGCTCGCGGCACAAGCCGCCGGCAAGGAAGGAGCAGCGTTGGCCGATGTGGCtt > 1:317834/1‑150 (MQ=255) ggCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCATGCGCCTTCCACAAGCCGCCGGCAAGGAAGGAGCAGCGTTGGCCGATGTGGCTTGGGCCGGGcgac < 1:394327/150‑1 (MQ=255) ggCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAActgctg > 1:75107/1‑66 (MQ=255) ggCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAActgctg < 2:75107/66‑1 (MQ=255) tcagTTTGTCAATCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCTGGTCATGCGCCTTCCACAAGCCGCCGGCAAGGAAGGAGCAGCGTTGGCCTATGTGGCTTGTGCCGGGCGACGAGAACTGCTTCAGGCGtt < 2:40428/147‑1 (MQ=255) | ACCGGTCGCTGGCGATTCATGGCCTGGATGATCAGCATCTGCGGGCATGGCATGTGTATGGCCGACCGCCGGAGGCCGCGCTGCTCGACACCGTCACGCGCGTGCGGCTCGCCGGCAGGATTGGTACGTTGGTCAACCAGTTGCGCGAGGGCGGTGTAACCGCAGACCCGCAACTGCTGGAGCGGGTCATGCGCCTTCCACAAGCCGCCGGCAAGGAAGGAGCAGCGTTGGCCGATGTGGCTTGGGCCGGGCGACGAGAACTGCTTCAGGCGTT > NC_002947/2734908‑2735181 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |