New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 590696 = | 38 (1.350) | 3 (0.110) | 3/240 | NT | 7.9% | coding (817/885 nt) | PP_0500 | dTDP‑4‑rhamnose reductase‑like protein |
? | NC_002947 | 590734 = | 33 (1.200) | coding (855/885 nt) | PP_0500 | dTDP‑4‑rhamnose reductase‑like protein |
CGCTGGGCCAGGCGATCCTCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGT > NC_002947/590547‑590845 | cgctggGCCAGGCGATCCTCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCg < 2:79503/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGATCCTCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATc > 2:582072/1‑150 (MQ=255) cAGGCGATCCTCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCCCGCCCGGGGGCCAGCGAAGAGCCACAGCACACGAAACAGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAg > 2:532864/1‑150 (MQ=255) caaTCCTCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCcgc < 1:446793/148‑1 (MQ=255) ggatCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTg > 1:283759/4‑150 (MQ=255) ccTCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTCGCTCCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGc < 1:39308/150‑1 (MQ=255) tCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCt > 2:48035/1‑150 (MQ=255) gccggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCt < 2:224388/150‑1 (MQ=255) cggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGt < 2:575510/124‑1 (MQ=255) cggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGt > 1:575510/1‑124 (MQ=255) gccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCt < 2:283759/150‑1 (MQ=255) aaTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGc > 2:42314/1‑150 (MQ=255) aTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCtt < 1:693946/147‑1 (MQ=255) aTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCtt > 2:693946/1‑147 (MQ=255) aTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGACTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGcc > 1:741822/1‑150 (MQ=255) gtacggcgtagcctttgtccaacaacgcatcgcacaggtgggagccaatgaagccggcaccgccggtgatcaggatgggggcatcagccatggcggtagaaccggtccagtagaGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCa < 2:96653‑M1/36‑1 (MQ=255) tacggcgtagcctttgtccaacaacgcatcgcacaggtgggagccaatgaagccggcaccgccggtgatcaggatgggggcatcagccatggcggtagaaccggtccagtagaGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCAc > 1:96653‑M1/114‑150 (MQ=255) acggcgtagcctttgtccaacaacgcatcgcacaggtgggagccaatgaagccggcaccgccggtgatcaggatgggggcgtcagccatggcggtagaaccggtccagtagaGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCAcc > 2:433568‑M1/113‑150 (MQ=255) gCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACt < 2:446758/150‑1 (MQ=255) ggCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGACTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGa < 2:741822/150‑1 (MQ=255) cGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCg < 1:582072/150‑1 (MQ=255) cGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCg > 1:373518/1‑150 (MQ=255) gccgcAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATgg < 1:454870/150‑1 (MQ=255) ccATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGccc < 2:23484/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCa < 2:436915/150‑1 (MQ=255) cgcgcgCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATcc < 1:744908/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCt > 2:486376/1‑150 (MQ=255) aagccggcaccgccggtgatcaggatgggggcgtcagccatggcggtagaaccggtccagtagaGGt > 2:213297‑M1/65‑67 (MQ=255) aagccggcaccgccggtgatcaggatgggggcgtcagccatggcggtagaaccggtccagtagaGGt < 1:213297‑M1/3‑1 (MQ=255) cGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCAcc < 1:214046/150‑1 (MQ=255) ggATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATc < 2:353033/140‑1 (MQ=255) ggATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATc > 1:353033/1‑140 (MQ=255) gCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGa < 2:163673/100‑1 (MQ=255) gCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGa > 1:163673/1‑100 (MQ=255) gCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCaa > 1:732014/1‑54 (MQ=255) gCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCaa < 2:732014/54‑1 (MQ=255) ccTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGAt < 1:48035/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATg > 1:749663/1‑150 (MQ=255) gAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGAc < 2:120119/67‑1 (MQ=255) gAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGAc > 1:120119/1‑67 (MQ=255) cTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACaa < 1:118039/150‑1 (MQ=255) ttCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGAc < 2:40202/147‑1 (MQ=255) ttCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGAc > 1:40202/1‑147 (MQ=255) ttCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACaaa < 1:42314/150‑1 (MQ=255) tCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATg > 2:220650/1‑74 (MQ=255) tCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATg < 1:220650/74‑1 (MQ=255) ttCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGc > 1:368320/1‑150 (MQ=255) GGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGt > 2:749663‑M1/1‑150 (MQ=255) | CGCTGGGCCAGGCGATCCTCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCCGCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGT > NC_002947/590547‑590845 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |