New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1436861 = | 35 (1.240) | 3 (0.110) | 3/236 | NT | 8.5% | coding (210/948 nt) | PP_1257 | 1‑pyrroline‑4‑hydroxy‑2‑carboxylate deaminase |
? | NC_002947 | 1436901 = | 31 (1.150) | coding (170/948 nt) | PP_1257 | 1‑pyrroline‑4‑hydroxy‑2‑carboxylate deaminase |
TGCTTCTGGGCGATCAGCGAAGCACCGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTCGCGGCCCTTGCGCACCAGGGCGTCGAA > NC_002947/1436715‑1436998 | tGCTTCTGGGCGATCAGCGAAGCACCGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATgccggcc > 1:629598/1‑150 (MQ=255) tGGGCGATCAGCGAAGCACCGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGccacc > 1:259811/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGCACCGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGcc > 2:247702/1‑150 (MQ=255) aGCACCGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGct < 2:517147/150‑2 (MQ=255) gCACCGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGccc > 2:701160/1‑150 (MQ=255) ccGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCcctcc > 1:533107/1‑150 (MQ=255) cgGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTgg < 1:418898/150‑1 (MQ=255) cTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGgcgc < 1:260916/150‑1 (MQ=255) gCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCgg > 1:556442/1‑150 (MQ=255) cgGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCctct < 1:493283/150‑1 (MQ=255) gATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTcag > 2:608813/1‑150 (MQ=255) ttcgacgccctggtgcgcaagggccgcgagctgatcgaggccggcatgagcgcggtggtgtactgcggctcgatgggtgactggccgctgctgacagaGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCagcagc > 1:21355‑M1/99‑150 (MQ=255) gCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTc > 1:735106/1‑150 (MQ=255) ggcgCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGTCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCAt < 2:629598/150‑1 (MQ=255) gcCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGa > 1:36314/1‑150 (MQ=255) ccAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAg < 2:316845/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCa < 1:608813/150‑1 (MQ=255) tgtgCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATc > 2:704328/1‑132 (MQ=255) tgtgCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATc < 1:704328/132‑1 (MQ=255) tgCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTGTGTCAGCATCGGCCAGTCACCCATCGAGCAGCAGTACACCACcgc > 1:196098/1‑150 (MQ=255) gcagcaTGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTAATCCATCGAGCCGCAGTACACCACcgcg < 1:701160/150‑1 (MQ=255) cagcaTGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCgcgc < 2:533107/150‑1 (MQ=255) agcaTGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTca > 1:201456/1‑107 (MQ=255) agcaTGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTca < 2:201456/107‑1 (MQ=255) gccggcatgagcgcggtggtgtactgcggctcgatgggtgactggccgctgctgacagaGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGc > 1:127456‑M1/60‑98 (MQ=255) gccggcatgagcgcggtggtgtactgcggctcgatgggtgactggccgctgctgacagaGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGc < 2:127456‑M1/39‑1 (MQ=255) gCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTg > 1:45653/1‑85 (MQ=255) gCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTg < 2:45653/85‑1 (MQ=255) cGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGGTGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTc < 1:565185/150‑1 (MQ=255) cGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTc > 1:747165/1‑150 (MQ=255) ccTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGa < 1:194678/150‑1 (MQ=255) cGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGc < 2:259811/150‑1 (MQ=255) ggTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTc > 1:420243/1‑150 (MQ=255) tgtTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTcgc < 1:247702/150‑1 (MQ=255) aCTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGCTGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGTCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTCGCGGccc > 1:663132/1‑150 (MQ=255) gTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTCGCGGCCCTTGCGCAcc < 2:36314/150‑1 (MQ=255) tGCCCACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTCGCGGCCCTTGCGCACCa < 1:269362/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTCGCGGCCCTTGCGCACCAGGGCGTCGa > 2:589516/1‑150 (MQ=255) ggTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTCGCGGCCCTTGCGCACCAGGGCGTCGaa < 2:556442/150‑1 (MQ=255) | TGCTTCTGGGCGATCAGCGAAGCACCGCGGCTGAGCACGCGGGGGATGACCATCAGGCCGGCGGCGCCAACCTTGGCGGCGTGTGCAGCATGCGAAACCGCCTCACGGGTGTTCACTGCGCCCGTGCCGACGATGGTCGGGATGCCGGCCGCCACCAGGCGCGCCACGCCCTCCTGGCGCTCGGCCTCTGTCAGCAGCGGCCAGTCACCCATCGAGCCGCAGTACACCACCGCGCTCATGCCGGCCTCGATCAGCTCGCGGCCCTTGCGCACCAGGGCGTCGAA > NC_002947/1436715‑1436998 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |