Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,046,230 | C→G | 7.9% | M717I (ATG→ATC) | PP_0906 ← | RND family multidrug transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,046,230 | 0 | C | G | 7.9% | 153.9 / 5.5 | 51 | M717I (ATG→ATC) | PP_0906 | RND family multidrug transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/25); new base G (2/2); total (24/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.57e-01 |
TTCACGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCGG > NC_002947/1046084‑1046379 | ttcACGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATc < 2:208172/150‑1 (MQ=255) ttcACGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATc < 1:634527/150‑1 (MQ=255) gtagtaGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGacac > 1:131813/1‑150 (MQ=255) gtagtTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAACGGTCCTACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTCCACCCGAGGGTGTCACTCGACAcccc > 1:46529/1‑150 (MQ=255) agccagccGGGGTTGTCGCGGGAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCCAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGcgcc < 2:338934/150‑1 (MQ=255) ccagccGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGcgccgc > 2:307797/1‑150 (MQ=255) agccGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCt > 1:714058/1‑150 (MQ=255) tGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGt < 2:360684/150‑1 (MQ=255) 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2:511628/125‑1 (MQ=255) aCCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTc > 1:511628/1‑125 (MQ=255) cTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGt > 2:266079/1‑122 (MQ=255) cTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGt < 1:266079/122‑1 (MQ=255) ttGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGcgccgc < 2:407378/104‑1 (MQ=255) ttGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGcgccgc > 1:407378/1‑104 (MQ=255) gCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGGGGGTGTCGATGGACAccc > 2:299959/1‑80 (MQ=255) gCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGGGGGTGTCGATGGACAccc < 1:299959/80‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCgg > 1:134962/1‑150 (MQ=255) cATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCgg < 1:307797/150‑1 (MQ=255) | TTCACGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAGGGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCGG > NC_002947/1046084‑1046379 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |