Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,114,354 | T→A | 22.0% | N153I (AAT→ATT) | rlmF ← | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,114,354 | 0 | T | A | 22.0% | 76.0 / 21.6 | 41 | N153I (AAT→ATT) | rlmF | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/18); new base A (5/4); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.16e-01 |
GCTGCCGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACTTGGGCAC > NC_002947/1114209‑1114498 | gctgCCGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGc > 2:465074/1‑150 (MQ=255) ggTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGTCCAGGCCAATGGCCTgggcaaa < 1:429875/150‑6 (MQ=255) ttCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGTCCAGGCCAATGGCCTgggc < 2:334246/141‑3 (MQ=255) ttCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGTCCAGGCCAATGGCCTgggc > 1:334246/1‑139 (MQ=255) cgtcgCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTgg < 2:327790/150‑1 (MQ=255) cgTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCgct < 1:590522/150‑3 (MQ=255) cgTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAg < 1:465074/150‑1 (MQ=255) gCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAgc > 2:295134/1‑150 (MQ=255) cATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAgcg > 2:110885/1‑150 (MQ=255) aTGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGAc < 2:438048/126‑1 (MQ=255) aTGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGAc > 1:438048/1‑126 (MQ=255) aTGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAgcgc > 1:25404/1‑150 (MQ=255) tGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGcc > 2:620937/1‑150 (MQ=255) cacaGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTcc < 1:292042/150‑1 (MQ=255) caGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTccga < 2:214952/150‑1 (MQ=255) ttatgtcaAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCATGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTccgagccga < 1:376528/146‑1 (MQ=255) gtcaAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGaa < 1:120152/150‑1 (MQ=255) caAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAgc < 1:295134/150‑1 (MQ=255) aaaGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGc < 1:309261/102‑1 (MQ=255) aaaGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGc > 2:309261/1‑102 (MQ=255) cctcctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGt > 2:509194/1‑150 (MQ=255) tcctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCa < 1:747713/150‑1 (MQ=255) tcctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTAGATGTCCGAGCCTATGGAGCGCCAGCGGGAGtga > 2:418935/1‑148 (MQ=255) ctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCGAGGCGATTGGCCTGGAGGATGGCCTTGGCCGAGGCCGGCGGCACCGGGTCGAGGTCCGAGCCGAGGAAGCTCCATCGGTAGTCACt > 1:153910/1‑150 (MQ=255) cagGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGcc > 2:467381/1‑150 (MQ=255) gATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTa > 2:470920/1‑135 (MQ=255) gATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTa < 1:470920/135‑1 (MQ=255) gtgCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGAt < 1:509194/150‑1 (MQ=255) gctgGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGc < 1:110885/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGAt < 2:25404/150‑1 (MQ=255) tatcgtccAGGCCAATGGCCTGGGCGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCCCGCGCa > 1:502480/7‑150 (MQ=255) tatcgtccAGGCCAATGGCCTGGGCGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCAACGGGGACGATGTCCAACCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAACACAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAgcgcgcgcc > 1:394477/7‑149 (MQ=255) tttGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAgcgcg > 1:182207/1‑145 (MQ=255) tttGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAgcgcg < 2:182207/145‑1 (MQ=255) tGCCCAAGCCATTCGACTGGACGAAAGCCTTGGCCGAGGCCCGCGCCACCGGGTCGTTGTCCGAGCAGAGGAAGAGCCAGAGGTAGTCCCTGTACACAAGCACTGGCTAGATGCAGTTGGCCACCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACtt < 2:153910/150‑1 (MQ=255) tccAGGCCAATGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAgc > 2:224503/2‑73 (MQ=255) tccAGGCCAATGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAgc < 1:224503/72‑1 (MQ=255) cccAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACTTgg < 1:620937/150‑1 (MQ=255) cAGGCCAATGGCCTGGGCGATAGCCTTGGCCGAGGCCAgc < 2:400050/40‑1 (MQ=25) cAGGCCAATGGCCTGGGCGATAGCCTTGGCCGAGGCCAgc > 1:400050/1‑40 (MQ=25) ggCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAACGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCCGTGGATAGGTGCAGTTGGCGCCCACGCCGATGGCCAGCGCGCGCACTTGGGCAc > 2:733321/1‑150 (MQ=255) | GCTGCCGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACTTGGGCAC > NC_002947/1114209‑1114498 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |