Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,192,694 | A→C | 10.4% | V321G (GTT→GGT) | upxB ← | phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,192,694 | 0 | A | C | 10.4% | 118.1 / 7.1 | 48 | V321G (GTT→GGT) | upxB | phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/24); new base C (3/2); total (22/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 |
GCAGCCCTCGTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGCCCGGCCAGTT > NC_002947/1192552‑1192839 | gcAGCCCTCGTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTCGACGTTACCGTcaaa > 1:233898/1‑147 (MQ=255) gcAGCCCTCGTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTCGACGTTACCGTCaaa > 1:233434/1‑150 (MQ=255) aGCCCTCGTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTCGACGTTACCGTCAAAgg < 2:233434/150‑2 (MQ=255) aGCCCTCGTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTCGACGTTACCGTCAAAgg < 2:233898/150‑2 (MQ=255) gTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGaa > 2:168534/1‑150 (MQ=255) gTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGaa < 1:304637/150‑1 (MQ=255) ggCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCa < 2:484293/150‑1 (MQ=255) cccAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACt < 1:483825/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTc < 2:679371/124‑1 (MQ=255) ccAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTc > 1:679371/1‑124 (MQ=255) gcgcGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGc < 2:396372/150‑1 (MQ=255) gcgGGGGGTTTGGCGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGGTCTCGAGGATGTAGCGGTGGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGGATTGTTCGTCCGCTTCGGTg < 2:224836/150‑1 (MQ=255) atctggtggCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGAAAATGCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCAc < 1:395872/147‑1 (MQ=255) tttGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCAcc < 2:721650/150‑1 (MQ=255) gtggCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGCAGCATACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCAccagat > 2:395872/1‑146 (MQ=255) tgctgTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACt > 2:701583/1‑150 (MQ=255) gctgTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATtcg < 1:8452/109‑1 (MQ=255) gctgTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATtcg > 2:8452/1‑109 (MQ=255) aCGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGGCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGc < 1:168534/150‑1 (MQ=255) gggTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGACCCGTTGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCg > 1:13273/1‑150 (MQ=255) gATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGa > 2:132894/1‑150 (MQ=255) gcgatgaTGTAGCCGTCCGTGCTCGCTTCGTTGCGATGGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCGTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGCATTCGTCGTCCACCTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTg < 2:467308/149‑1 (MQ=255) gacgaTGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCggg > 2:588899/1‑80 (MQ=255) gacgaTGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCggg < 1:588899/80‑1 (MQ=255) gTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGcc > 2:466972/1‑150 (MQ=255) tAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCa > 1:76853/1‑150 (MQ=255) gTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATgcg > 2:236452/1‑150 (MQ=255) gCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGc < 1:68814/79‑1 (MQ=255) gCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGc > 2:68814/1‑79 (MQ=255) gCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTcc > 2:717271/1‑150 (MQ=255) ttCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTNGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGACCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTc > 1:193299/1‑150 (MQ=255) cGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCgg < 2:13273/150‑1 (MQ=255) gTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTg < 1:628516/76‑1 (MQ=255) gTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTg > 2:628516/1‑76 (MQ=255) gTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCAGCTGAAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCggg > 2:364171/1‑150 (MQ=255) gATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGTGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTTGCTTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCggg > 1:14577/1‑150 (MQ=255) gATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCggg > 1:65791/1‑150 (MQ=255) aTAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGt < 2:491319/150‑1 (MQ=255) tAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATgcgg < 1:495047/129‑1 (MQ=255) tAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATgcgg > 2:495047/1‑129 (MQ=255) gtcgGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCttt < 1:132894/150‑1 (MQ=255) gtcgGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTAGTCGTCCAAATCGCTGACGTCAACAGCAGCGCTTAGGGAAAGAGAGTTGCGGCTGGAGTTGCTCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCttt > 2:460460/1‑150 (MQ=255) ggTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTttgtt < 1:234343/150‑1 (MQ=255) cgcCTTTGACGGTAACGTCGAAGCTGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCTCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGc < 1:236452/150‑1 (MQ=255) ccTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGCATTCGTTCTACCCCGCGCTGGCGGCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTCTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGccc < 1:730465/150‑1 (MQ=255) gacgtgaaCGTCGTAGCGGTCAAATTCTTCCTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGGCCTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATTCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGCCCGGCCa < 2:193299/144‑1 (MQ=255) gACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGCCCGGCCa < 1:701583/150‑1 (MQ=255) ggTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGTGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGCCCGGCCAGtt < 1:717271/150‑1 (MQ=255) ggTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGCCCGGCCAGtt < 2:76853/150‑1 (MQ=255) | GCAGCCCTCGTGACGGAAGCGGCCCAGCGCGGTGCGTTTGGTGGCCAGGGTGCTGCTGTTGTACGGGTCGATCTCGACGATGTAGCCGTAGGTGCTGGCTTCGTTGCGATAGTCGTCGGTGGCGCTGGCGCCTTTGACGGTAACGTCGAAGCGGGCGAATTCGTCGTCCACTTCGCTGGCGTCACCGGCAGCGCTTTCCCACTTGTACTGGCCGCTGGAAGTGCCCACGCCAATGCGGCGCTGGTCCTCGGGGCGGGTGCCTTTGTTGACGAAAATGCCCGGCCAGTT > NC_002947/1192552‑1192839 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |