Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,207,681 | T→C | 9.1% | Q442Q (CAA→CAG) | PP_1058 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,207,681 | 0 | T | C | 9.1% | 119.0 / 3.3 | 44 | Q442Q (CAA→CAG) | PP_1058 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/21); new base C (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 |
GCCATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGC > NC_002947/1207537‑1207824 | gCCATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCACTTGCat < 2:592621/150‑2 (MQ=255) cATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGt > 2:402136/1‑150 (MQ=255) aaCAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGATACTGTGTAGCTTTCAGTTGCAGGTCGGCCTTCAAGGTACtg > 2:59892/1‑150 (MQ=255) aCAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtgg < 1:211372/150‑1 (MQ=255) ggTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGc > 1:746714/1‑150 (MQ=255) ggTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGc > 1:667048/1‑150 (MQ=255) gAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGa > 1:426228/1‑150 (MQ=255) gCTGTAGCCCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAg > 1:316412/1‑150 (MQ=255) tGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAACTGCAGGtta > 1:2222/1‑120 (MQ=255) tGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAACTGCAGGtta < 2:2222/122‑3 (MQ=255) ccTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGt < 2:426228/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCGGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTc > 2:79791/1‑150 (MQ=255) gCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCggg < 1:744726/150‑1 (MQ=255) tGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGAt > 1:640969/1‑150 (MQ=255) gcagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGt > 2:715468/1‑132 (MQ=255) gcagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGt < 1:715468/132‑1 (MQ=255) cagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAg < 1:444888/129‑1 (MQ=255) cagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAg > 2:444888/1‑129 (MQ=255) gcCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCa > 2:241070/1‑150 (MQ=255) gCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtgg > 1:499027/1‑102 (MQ=255) gCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtgg < 2:499027/102‑1 (MQ=255) gATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGCCAg < 1:402136/150‑1 (MQ=255) gATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAg < 2:549302/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCGGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGc < 1:79791/150‑1 (MQ=255) ggCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGt < 2:523421/150‑1 (MQ=255) aaaCTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGAt < 1:241070/150‑1 (MQ=255) tCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGGGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGccc < 2:137489/150‑1 (MQ=255) gCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTTCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACTATCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTa < 1:59892/150‑1 (MQ=255) tttttCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATc > 2:699278/1‑150 (MQ=255) ttttCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCg < 1:699278/150‑1 (MQ=255) ggTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGAtt > 1:573952/1‑88 (MQ=255) ggTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGAtt < 2:573952/88‑1 (MQ=255) cTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGt < 2:640969/150‑1 (MQ=255) gCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGa > 1:674758/1‑83 (MQ=255) gCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGa < 2:674758/83‑1 (MQ=255) cTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGc < 2:464255/150‑1 (MQ=255) cgaCCTGCAACTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgttg < 2:116360/123‑1 (MQ=255) cgaCCTGCAACTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgttg > 1:116360/3‑125 (MQ=255) aaCCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTg > 2:124790/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGCGTGTTTTGTACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTgcg > 1:610413/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTgcg < 2:667048/150‑1 (MQ=255) cTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgt > 1:222812/1‑119 (MQ=255) cTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgt < 2:222812/119‑1 (MQ=255) cTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTgcgc > 2:316717/1‑150 (MQ=255) | GCCATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGC > NC_002947/1207537‑1207824 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |