Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,281,134 | T→C | 18.9% | V176A (GTC→GCC) | PP_5742 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,281,134 | 0 | T | C | 18.9% | 63.3 / 7.6 | 31 | V176A (GTC→GCC) | PP_5742 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/14); new base C (3/3); total (14/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACACAGCTACAGGTTTGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCC > NC_002947/1281002‑1281280 | acacaGCTACAGGTTTGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTg < 2:102576/137‑1 (MQ=255) acacaGCTACAGGTTTGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTg > 1:102576/1‑137 (MQ=255) cAGGTTTGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTACTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTAt < 2:512464/150‑1 (MQ=255) aGGTTTGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATg > 2:718246/1‑150 (MQ=255) ggTTTGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATgg < 2:350643/150‑1 (MQ=255) tGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAg < 1:718246/150‑1 (MQ=255) tCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGCCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCt > 1:245118/1‑150 (MQ=255) tCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGCCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCt > 1:245188/1‑150 (MQ=255) cGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGCCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTa < 2:245188/150‑1 (MQ=255) cGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGCCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTa < 2:245118/150‑1 (MQ=255) gagaATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAg > 1:60497/1‑150 (MQ=255) gagaATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTAATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGCAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAg > 1:332492/1‑150 (MQ=255) tATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGCCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAAt < 1:305117/133‑1 (MQ=255) tATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGCCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAAt > 2:305117/1‑133 (MQ=255) gATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGc > 1:648866/1‑150 (MQ=255) tGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCgg < 2:386436/150‑1 (MQ=255) tGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGAAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCgg > 1:253884/1‑150 (MQ=255) tATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCtt < 2:284235/96‑1 (MQ=255) tATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCtt > 1:284235/1‑96 (MQ=255) tGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGGAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCtatt > 1:42890/1‑150 (MQ=255) gATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGt > 1:602044/1‑139 (MQ=255) gATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGt < 2:602044/139‑1 (MQ=255) gATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCAACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTa < 2:60497/150‑1 (MQ=255) tCTGTTGTTGAAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGat < 2:253884/150‑1 (MQ=255) tgtTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAgg < 1:646621/99‑1 (MQ=255) tgtTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAgg > 2:646621/1‑99 (MQ=255) tttttGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTTCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAATGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGc < 2:332492/150‑1 (MQ=255) gACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTCTGCGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCa < 1:539231/150‑1 (MQ=255) agagATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGc > 2:349424/1‑90 (MQ=255) agagATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGc < 1:349424/90‑1 (MQ=255) aTGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACAGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGTTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTcc < 1:645947/150‑1 (MQ=255) | ACACAGCTACAGGTTTGTCGAGAATAGTATGCCAAAGAGCCGTAGATGTATTGATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCC > NC_002947/1281002‑1281280 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |