Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 115,917 | G→A | 9.1% | D74N (GAT→AAT) | PP_0110 → | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 115,917 | 0 | G | A | 9.1% | 149.7 / 5.3 | 55 | D74N (GAT→AAT) | PP_0110 | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/29); new base A (3/2); total (24/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 |
GGTGCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGA > NC_002947/115769‑116061 | ggtgCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGa > 1:588380/1‑150 (MQ=255) ggtgCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGa < 1:726608/150‑1 (MQ=255) gtgCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGAt < 1:713149/150‑1 (MQ=255) gtgCTGATGCTGACCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGAt > 2:216444/1‑150 (MQ=255) tgctgatgctgaTCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATg > 2:409525/1‑150 (MQ=255) aCCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGgcacgc > 2:654166/1‑150 (MQ=255) cTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCC‑GGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCAcc < 1:37116/150‑1 (MQ=255) ggCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATgcgccga > 1:749640/1‑127 (MQ=255) ggCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATGCGCCGa < 2:749640/130‑1 (MQ=255) gCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGc < 2:89032/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTgg < 1:290219/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTgg < 1:471627/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCCCCCACAAACGGCCTTTGGc < 1:35580/150‑1 (MQ=255) cTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGcc < 1:654166/150‑1 (MQ=255) gggCCACCGGGGCGGGCGTCAGCGGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGGGGGTGGTGCGGCAGTGGTAAATCATGCGGTGGATCGGCGCATTGAGGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCTTTTGGccc < 2:485732/149‑1 (MQ=255) gCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCaa > 2:737078/1‑150 (MQ=255) ccACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAg < 1:120354/150‑1 (MQ=255) cccGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGcc > 2:359028/1‑150 (MQ=255) cccGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGcc < 2:423825/150‑1 (MQ=255) gggcgTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATgcgccga > 2:752591/1‑104 (MQ=255) gggcgTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATGCGCCGa < 1:752591/107‑1 (MQ=255) aGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTg > 2:241285/1‑150 (MQ=255) gttgttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGgcac < 2:496570/92‑1 (MQ=255) gttgttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGgcac > 1:496570/1‑92 (MQ=255) gttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtgtt > 2:438635/1‑144 (MQ=255) gttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtgtt < 1:438635/144‑1 (MQ=255) ttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGcc > 1:513107/1‑150 (MQ=255) cGGCAGCCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCtt < 2:604444/150‑1 (MQ=255) cGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCtt < 2:320562/150‑1 (MQ=255) cGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCCGTTGTTCGCCtt > 1:149748/1‑150 (MQ=255) cTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTg > 1:316069/1‑150 (MQ=255) tGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTgg < 1:67044/150‑1 (MQ=255) gggCATCGGCATGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGgc > 2:184233/1‑150 (MQ=255) ggCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGCTGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTGTTGCCCGAGTCCTAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGgcg > 2:273472/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGTCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTc < 1:359028/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTc < 2:513107/150‑1 (MQ=255) gggTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCct > 2:530469/1‑150 (MQ=255) ggtggtGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATgcgc < 1:529556/49‑1 (MQ=255) ggtggtGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATgcgc > 2:529556/1‑49 (MQ=255) tggtgCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGGATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAATCGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCttgct < 2:693712/150‑1 (MQ=255) tGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCa < 1:530469/150‑1 (MQ=255) ggTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCAc < 1:723282/150‑1 (MQ=255) gTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCgctgc < 1:408067/121‑1 (MQ=255) gTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCgctgc > 2:408067/1‑121 (MQ=255) tCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgctgctg < 2:340445/140‑1 (MQ=255) tCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgctgctg > 1:340445/1‑140 (MQ=255) tCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCa > 1:601349/1‑150 (MQ=255) ggtggATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCAc < 1:234744/150‑1 (MQ=255) ggATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgc > 1:407100/1‑122 (MQ=255) ggATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgc < 2:407100/122‑1 (MQ=255) tcagcgcATCAATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTg > 2:752561/4‑150 (MQ=255) tCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTg < 2:316069/150‑1 (MQ=255) ggCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGc < 1:737078/150‑1 (MQ=255) gcgcATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCt > 1:161970/1‑150 (MQ=255) gcATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGa < 2:588380/150‑1 (MQ=255) | GGTGCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGA > NC_002947/115769‑116061 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |