Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,970,236 | G→A | 8.7% | L188L (CTG→CTA) | mtnA → | methylthioribose‑1‑phosphate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,970,236 | 0 | G | A | 8.7% | 123.1 / 3.5 | 46 | L188L (CTG→CTA) | mtnA | methylthioribose‑1‑phosphate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base A (2/2); total (23/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.94e-01 |
GCCAACCTGACCATGGCCCAGCAGGGTATCGAGCTGATCCGTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGCCGACTCGGCGCTGGCCCACCTCATGAAGACCAAGGGCA > NC_002947/1970090‑1970384 | cccAACCTGACCATGGCCCAGCAGGGTATCGAGCTGATCCGTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGaa < 2:220309/149‑1 (MQ=255) ggCCCAGCAGGGTATCGAGCTGATCCGTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGATCg < 1:751827/150‑1 (MQ=255) gcagGGTATCGAGCTGATCCGTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTa < 1:69688/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCTGATCCGTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCgct < 2:735844/150‑3 (MQ=255) gATCCGTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCATACCGGGGACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCg < 1:511674/150‑1 (MQ=255) gTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTAGAAGGCATGGTCGa < 1:78330/121‑1 (MQ=255) gTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTAGAAGGCATGGTCGa > 2:78330/1‑121 (MQ=255) gTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTAGAAGGCATGGTCGa > 2:243794/1‑121 (MQ=255) gTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTAGAAGGCATGGTCGa < 1:243794/121‑1 (MQ=255) tCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGccc > 2:147361/1‑147 (MQ=255) tCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGccc < 1:147361/147‑1 (MQ=255) aTCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCgg > 1:311649/1‑130 (MQ=255) aTCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCgg < 2:311649/130‑1 (MQ=255) aGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAgg > 1:626687/1‑150 (MQ=255) ggCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATg > 2:155105/1‑105 (MQ=255) ggCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATg < 1:155105/105‑1 (MQ=255) ggCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTgg < 1:149979/141‑1 (MQ=255) ggCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTgg > 2:149979/1‑141 (MQ=255) gCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCgcgc < 2:1978/150‑1 (MQ=255) cAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTCGGCTGCGTGGCTCGCGCCTg > 2:173304/1‑150 (MQ=255) tGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCt > 1:315563/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAg > 1:358718/1‑150 (MQ=255) ttCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTggg > 2:188168/1‑145 (MQ=255) ttCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTggg < 1:187974/145‑1 (MQ=255) ttCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTggg > 2:187974/1‑145 (MQ=255) ttCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTggg < 1:188168/145‑1 (MQ=255) gcCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATc > 1:403774/1‑150 (MQ=255) tggtggCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATTGGCGAGCGGGTTTATGCAGCAGATACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCt < 1:355372/150‑1 (MQ=255) ggCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTtgt < 1:224253/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGTCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAgg < 2:481597/128‑1 (MQ=255) cTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGTCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAgg > 1:481597/1‑128 (MQ=255) tttGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGcc > 2:193699/1‑150 (MQ=255) aCTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCaa > 1:463376/1‑111 (MQ=255) aCTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCaa < 2:463376/111‑1 (MQ=255) aCTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGCCGACTCGGCGCt > 2:152279/1‑150 (MQ=255) ggggTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGa < 1:178683/88‑1 (MQ=255) ggggTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGa > 2:178683/1‑88 (MQ=255) gTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGCCGACTCGGCGCTGGCCCAc < 2:739725/150‑1 (MQ=255) aTCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCTCGCCTGACCGGCTGGGAGCt < 1:75965/95‑1 (MQ=255) aTCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCTCGCCTGACCGGCTGGGAGCt > 2:75965/1‑95 (MQ=255) tACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGGTTATGCCGGTGAAACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTAACCGGCTGGGCGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGCCGACTCGGCGCTGGCCCCCCTCATGAAGACCAAg > 1:428584/1‑150 (MQ=255) gcTGGAAGGCATGGTCGCGCTGGTTTATGCGGGTGAGACTCGCCCTTGTCTGCAGGGCTCGGGCCTGACCGGCTGTGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGAGCCTTTGTGCCGACTCGGCGCTGGCTAACCTCATAAGGACCAAggg < 2:366079/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCg > 2:294429/1‑99 (MQ=255) cTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCg < 1:294429/99‑1 (MQ=255) tGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGCCGACTCGGCGCTGGCCCACCTCATGAAGACCAAGGGCa > 1:72754/1‑150 (MQ=255) tGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGCCGACTCGGCGCTGGCCCACCTCATGAAGACCAAGGGCa > 2:549836/1‑150 (MQ=255) | GCCAACCTGACCATGGCCCAGCAGGGTATCGAGCTGATCCGTCGCCATCAGGGCAATGCCCAGGCCCTGCTCACCTTCGGCAACGCCGGCGCCCTTGCCAGTGGTGGCTTTGGCACCGCACTGGGGGTGATCCGTGCCGGCTACCTGGAAGGCATGGTCGAGCGGGTTTATGCCGGTGAGACTCGCCCTTGGCTGCAGGGCTCGCGCCTGACCGGCTGGGAGCTGGCCAACGAGGGCATCCCGGTGACCCTTTGTGCCGACTCGGCGCTGGCCCACCTCATGAAGACCAAGGGCA > NC_002947/1970090‑1970384 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |