Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,571,621 | C→T | 12.9% | G287S (GGC→AGC) | dctA‑III ← | C4‑dicarboxylate transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,571,621 | 0 | C | T | 12.9% | 73.8 / 3.8 | 31 | G287S (GGC→AGC) | dctA‑III | C4‑dicarboxylate transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/11); new base T (2/2); total (18/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
AGCAGGATGGTCAGCAGGTCGGTCATTTCCAGTGGCGTGCCGGTGGCGTTGGCGATGAACACGATCGCCAGGGTGAGGTAGATGGAAAAACCATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGCAGCAGTTTCAAGCCCGACAGGCGCATGACGGTGCCCA > NC_002947/2571476‑2571764 | cagagGATGGTCAGCAGGTCGGTCATTTCCAGTGGCGTGCCGGTGGCGTTGGCGATGAACACGATCGCCAGGGTGAGGTAGATGGAAAAACCATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATg > 2:408241/4‑150 (MQ=255) cagGTCGGTCATTTCCAGTGGCGTGCCGGTGGCGTTGGCGATGAACACGATCGCCAGGGTGAGGTAGATGGAAAAACCATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAg < 1:408241/150‑1 (MQ=255) agGTCGGTCATTTCCAGTGGCGTGCCGGTGGCGTTGGCGATGAACACGATCGCCAGGGTGAGGTAGATGGAAAAACCATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGc > 2:441503/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCCATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTgg > 1:569094/1‑95 (MQ=255) cATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTAc < 1:73567/149‑1 (MQ=255) cATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTAc > 2:73567/1‑149 (MQ=255) cATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACt < 1:496896/150‑1 (MQ=255) aTCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGCTTCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACtt < 1:565375/150‑1 (MQ=255) ggTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCa > 2:254857/1‑150 (MQ=255) ttGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTgg < 2:48223/83‑1 (MQ=255) ttGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTgg > 1:48223/1‑83 (MQ=255) aaCGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGgc > 1:23860/1‑150 (MQ=255) gTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGcagcag > 1:130857/1‑150 (MQ=255) tAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGAGCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGCAGCAGt < 1:172124/150‑1 (MQ=255) ggATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCTGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGCAGCAGttt < 2:398169/142‑1 (MQ=255) 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aCCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGCAGCAGTTTCAAGCCCGACAgg > 1:288943/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGCAGCAGTTTCAAGCCCGACAGgc > 2:694429/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGCGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGgcagca < 2:486292/117‑1 (MQ=255) aaCTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGgcagca > 1:486292/1‑117 (MQ=255) aaCTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGCAGCAGTTTCAAGCCCGACAGGCGCATGACGGTGCCCa > 1:743940/1‑150 (MQ=255) cGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCgg < 2:513773/51‑1 (MQ=255) cGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCgg > 1:513773/1‑51 (MQ=255) | AGCAGGATGGTCAGCAGGTCGGTCATTTCCAGTGGCGTGCCGGTGGCGTTGGCGATGAACACGATCGCCAGGGTGAGGTAGATGGAAAAACCATCGAGGTTGAACGAGTAGCCGGTAGGGATCACCAGGCCGACCGTGGAACTGCCGATGCCCAGGTGCTCAAGCTTGCGCATGATCTGTGGCAGCACGGCGTCGGAAGAGGCGGTGCCCAGGACGATGGTCAGCTCTTCGCGCAGGTACTTGATCAACGGCAGCAGTTTCAAGCCCGACAGGCGCATGACGGTGCCCA > NC_002947/2571476‑2571764 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |