Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,354,452 | C→A | 8.5% | Y218* (TAC→TAA) | PP_2949 → | permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,354,452 | 0 | C | A | 8.5% | 145.4 / 3.4 | 48 | Y218* (TAC→TAA) | PP_2949 | permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base A (2/2); total (24/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
TCGCGGACATTGGGTGGTTGGCAGGTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCTTGGGCTGGCAGCGTTGCTTCTGCACGAGCATGTCAGC > NC_002947/3354309‑3354599 | tcGCGGACATTGGGTGGTTGGCAGGTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCa > 2:747929/1‑150 (MQ=255) cgcgGACATTGGGTGGTTGGCAGGTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCAc < 2:529308/150‑1 (MQ=255) aCATTGGGTGGTTGGCAGGTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTc > 1:232682/1‑150 (MQ=255) gTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGttt < 2:283594/150‑1 (MQ=255) gTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGttt > 1:523673/1‑150 (MQ=255) gTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCCGCTAGTGAGGGGAGGCAATCTTCCAGCCCCTTATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCAGATCggaaga > 1:318129/1‑146 (MQ=255) tGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTgg > 2:527642/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAggg > 2:648039/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAggg < 2:579540/150‑1 (MQ=255) gCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTc > 2:751239/1‑150 (MQ=255) cATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGAt > 1:671718/1‑150 (MQ=255) ggctgctgatGAGGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTg < 2:216115/149‑1 (MQ=255) tgctgACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCa > 1:708475/1‑90 (MQ=255) tgctgACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCa < 2:708475/90‑1 (MQ=255) tgACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTgg < 2:523673/150‑1 (MQ=255) tgACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGCgg < 1:751239/150‑1 (MQ=255) ggACGGTGGTCAAGTTTCCATCTCCTGATTACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTgg < 2:232682/149‑1 (MQ=255) cGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGcc > 2:424505/1‑150 (MQ=255) gtCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATg < 1:282042/84‑1 (MQ=255) gtCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATg > 2:282042/1‑84 (MQ=255) cAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCa > 1:498352/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCaa > 1:441798/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATACTGATCATGTTTTTGTTCTGTTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGGGTGCGGCAGTGGGCCAATTGCaa > 2:157663/1‑150 (MQ=255) atgaCTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTAAGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGttt < 1:470215/77‑1 (MQ=255) atgaCTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTAAGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGttt < 1:470191/77‑1 (MQ=255) atgaCTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTAAGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGttt > 2:470215/1‑77 (MQ=255) atgaCTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTAAGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGttt > 2:470191/1‑77 (MQ=255) tgaCTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCaa < 1:47595/133‑1 (MQ=255) tgaCTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCaa > 2:47595/1‑133 (MQ=255) tgaCCTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCCGCTTGCGCTACGTTTCCCTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCTAGGGCTCGTCCAGGCGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCAt < 1:157663/150‑1 (MQ=255) aCTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATgg < 1:648039/150‑1 (MQ=255) tttGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTg < 1:12944/117‑1 (MQ=255) tttGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTg > 2:12944/1‑117 (MQ=255) gCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCtt < 2:498352/150‑1 (MQ=255) gCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCtt < 1:527642/150‑1 (MQ=255) cAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTAGGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTTTGGTACGGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCTTTCATGGTGCTTgg > 1:35733/1‑150 (MQ=255) tAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCTTGGGCTgg < 2:63688/150‑1 (MQ=255) ccccTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCTTGGGCTGGCAGCGt < 2:671718/150‑1 (MQ=255) cTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTc < 1:733537/59‑1 (MQ=255) cTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTc > 2:733537/1‑59 (MQ=255) cAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTtg < 1:668692/44‑1 (MQ=255) cAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTtg > 2:668692/1‑44 (MQ=255) tttGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCTTGGGCTGGCAGCGTTGCTTCTGCACGAGCAt < 1:424505/150‑1 (MQ=255) gCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGt < 1:195939/79‑1 (MQ=255) gCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGt > 2:195939/1‑79 (MQ=255) cTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCtt < 2:205116/115‑1 (MQ=255) cTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCtt > 1:205116/1‑115 (MQ=255) tACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCTTGGGCTGGCAGCGTTGCTTCTGCACGAGCATGTCAGc > 2:66873/1‑150 (MQ=255) | TCGCGGACATTGGGTGGTTGGCAGGTGATCAGCTGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGTTCATGCTGCTGCTGACGGTGGTCAATCTTCCAGCCCCTGATGACTTTGCCAGGGTAAGTGCCCCTGCGTGGTTCAGCTTTGGCTACGTTTCACTGTTCAGCATGCTGATCGGGTTTGTGTTCTGGTACCGAGGGCTCGTCCAGGGGGGGATTGCGGCAGTGGGCCAATTGCAACTCTTTCAGCCGTTCATGGGGCTTGGGCTGGCAGCGTTGCTTCTGCACGAGCATGTCAGC > NC_002947/3354309‑3354599 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |