Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,666,126 | G→A | 12.5% | A51T (GCC→ACC) | nuoK → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit K |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,666,126 | 0 | G | A | 12.5% | 77.5 / 3.6 | 32 | A51T (GCC→ACC) | nuoK | NADH‑quinone oxidoreductase subunit K |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/15); new base A (2/2); total (15/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
TATCCCTCTCGAGCATGGGCTGGCGGTCGCCGGCATCCTGTTCTGCTTAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCCTGCTGCAGCTGTATCGCCGCTTCCACACTCTCGACATCGATGCTGC > NC_002947/4665984‑4666265 | tATCCCTCTCGAGCATGGGCTGGCGGTCGCCGGCATCCTGTTCTGCTTAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGc > 2:79200/1‑150 (MQ=255) ccTCTCGAGCATGGGCTGGCGGTCGCCGGCATCCTGTTCTGCTTAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCgg < 2:651791/150‑2 (MQ=255) cTGGCGGTCGCCGGCATCCTGTTCTGCGTAGGTGTGGTGGGCCTGGTGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGGCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTGGGGTCCAGCCCGAc < 2:137520/150‑1 (MQ=255) tGGCGGTCGCCGGCATCCTGTTCTGCTTAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACg > 2:113225/1‑150 (MQ=255) tCCTGTTCTGCTTAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCa < 1:681520/150‑1 (MQ=255) ttCTGCTTAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTg < 1:210453/150‑1 (MQ=255) ttAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTg < 2:732485/144‑1 (MQ=255) ttAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTg > 1:732485/1‑144 (MQ=255) ttAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATc < 1:113225/150‑1 (MQ=255) aGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTgg < 1:157189/109‑1 (MQ=255) aGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTgg > 2:157189/1‑109 (MQ=255) tCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTgg < 1:228035/140‑1 (MQ=255) tCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTgg > 2:228035/1‑140 (MQ=255) gTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCa > 1:573789/1‑150 (MQ=255) gATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCAtt > 1:254572/1‑124 (MQ=255) gATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCAtt < 2:254572/124‑1 (MQ=255) gTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGcc > 2:743720/1‑150 (MQ=255) tCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCa < 2:243746/150‑1 (MQ=255) ccgcAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCAt > 2:619875/1‑150 (MQ=255) aTCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATtggcctg < 1:164011/150‑1 (MQ=255) aTCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCACCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATtggcctg > 1:346716/1‑150 (MQ=255) aTCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCACCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATtggcctg > 1:346422/1‑150 (MQ=255) tCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATtggcctgg < 1:704715/150‑1 (MQ=255) tGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCACCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCctgc < 2:346422/150‑1 (MQ=255) tGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCACCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCctgc < 2:346716/150‑1 (MQ=255) tCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCCTGCTGCAGCTGTATCGCCGCt > 2:172646/1‑150 (MQ=255) tgatgaACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTg < 1:178721/92‑1 (MQ=255) tgatgaACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTg > 2:178721/1‑92 (MQ=255) gaACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTCGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCCTGCTGCAGCTGTATCGCCGCTTCCacac > 1:715132/1‑150 (MQ=255) tGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCCTGCTGCAGCTGTATCGCCGCTTCCACACTCTCGACAt < 2:666085/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCCTGCTGCAGCTGTATCGCCGCTTCCACACTCTCGACATCGa < 1:172646/150‑1 (MQ=255) gTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCCTGCTGCAGCTGTATCGCCGCTTCCACACTCTCGACATCGAtgctgc > 1:490632/1‑150 (MQ=255) | TATCCCTCTCGAGCATGGGCTGGCGGTCGCCGGCATCCTGTTCTGCTTAGGTCTGGTTGGCCTGATGGTCCGCCGCAACATCCTCTTCGTGCTCATGAGCCTGGAAGTCATGATGAACGCCTCTGCCCTGGCGTTCGTCGTCGCCGGTGCCCGTTGGGTCCAGCCCGACGGTCAGGTGATGTTCATTCTGGTGATCAGCCTGGCAGCCGCCGAGGCCAGCATTGGCCTGGCCATCCTGCTGCAGCTGTATCGCCGCTTCCACACTCTCGACATCGATGCTGC > NC_002947/4665984‑4666265 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |