Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,935,640 | T→C | 12.1% | Q332R (CAG→CGG) | flhA ← | flagellar export pore protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,935,640 | 0 | T | C | 12.1% | 80.6 / 2.5 | 33 | Q332R (CAG→CGG) | flhA | flagellar export pore protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/16); new base C (2/2); total (15/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
GATCAGCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTGGGCGAATCGAACATCTGCCGA > NC_002947/4935492‑4935789 | gATCAGCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCctgctg < 2:110238/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGATGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCctgctgc > 2:231638/1‑150 (MQ=255) cAGCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCctgctgctg < 2:597372/150‑1 (MQ=255) aGCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCtgctgctgc < 2:745232/150‑1 (MQ=255) aGCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCtgctgctgc < 2:139669/150‑1 (MQ=255) gCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTgctgctgct > 1:417685/1‑150 (MQ=255) gCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTgctgctgct > 2:585067/1‑150 (MQ=255) cGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGcttc < 1:659857/150‑1 (MQ=255) tAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGATGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCttcttc < 1:231638/150‑1 (MQ=255) tAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTACCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCttcttc < 2:413588/150‑1 (MQ=255) gCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCca < 1:721460/150‑1 (MQ=255) aTGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGccgccg > 2:93230/1‑150 (MQ=255) gTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGctt > 1:600030/1‑123 (MQ=255) gTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGctt < 2:600030/123‑1 (MQ=255) gATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGgccgc > 2:707274/1‑150 (MQ=255) tGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGc < 2:297302/150‑1 (MQ=255) gACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGAGCCACTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGcc > 1:466406/1‑150 (MQ=255) cgtcgtCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGa < 2:397525/150‑1 (MQ=255) tcgtcCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAgg < 2:429653/150‑1 (MQ=255) ccAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGTAGGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGGGGCTGAg > 1:361470/1‑150 (MQ=255) ccAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCtgctgctgc > 1:219049/1‑100 (MQ=255) ccAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCtgctgctgc < 2:219049/100‑1 (MQ=255) cAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGc > 2:734772/1‑150 (MQ=255) tGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTGCCCCTACACGACG‑CTCTT‑CTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCg < 2:583807/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGcc > 2:41483/1‑150 (MQ=255) gctaGGGCAGCCGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCa > 2:672843/4‑150 (MQ=255) ggCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCCGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACg > 2:389796/1‑150 (MQ=255) cagGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCATTGACCTTGGACTGCTGCTGATTCTTCCACACCAGGTCGGCTCCGCCGGCCGCCATCCGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCCCCAACCCCATGACGatcat > 2:43060/1‑150 (MQ=255) ggTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGAtcatca < 1:110359/150‑1 (MQ=255) tgACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGaa > 2:534760/1‑98 (MQ=255) tgACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGaa < 1:534760/98‑1 (MQ=255) aCGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCCGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGa > 2:557221/1‑150 (MQ=255) gcCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGcc < 1:585067/150‑1 (MQ=255) ccTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGc > 1:72760/1‑105 (MQ=255) ccTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGc < 2:72760/105‑1 (MQ=255) cTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGGCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCtt > 2:513101/1‑150 (MQ=255) cTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCTTGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCtt < 1:608279/150‑1 (MQ=255) tGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTg < 2:466406/150‑1 (MQ=255) gCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTGGGc < 1:707274/150‑1 (MQ=255) gCTTTGACCTTGGCCTGCCGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTGGGc < 1:557221/150‑1 (MQ=255) tttGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTGGGCGa > 2:751288/1‑150 (MQ=255) tttGACCTTGGCCTGCCGCTGCTTCGTCCACACGAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGGTCAGAAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTGGGCGa < 1:389796/150‑1 (MQ=255) tgctgctTCTTCCCCACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCGGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTGGGCGAATCGAACATCTGCCGa < 2:315571/150‑1 (MQ=255) | GATCAGCCGATAGCCGACTTCCAGGCCGATCATGTCGATGGGGGTGACGTCGTCCCAACCCAGCTCCTTGGTTTCCAGCGCGCGCTGTGGCGAGGGCAGCAGGTCCTG‑‑CTGACGCTGCGCCTCTTGCTGGGCTTTGACCTTGGCCTGCTGCTGCTTCTTCCACACCAGGTAGGCGCCGCCGGCCGCCATCAGGCCGAGGCTGAGGAAGGCAATGTGCGGCATGCCCGGCACCAGCCCCATGACGATCATCAACGCGCCAGACACCGCCAGGGCCTTGGGCGAATCGAACATCTGCCGA > NC_002947/4935492‑4935789 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |