Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,602,109 | A→G | 9.3% | I475T (ATC→ACC) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,602,109 | 0 | A | G | 9.3% | 113.5 / 3.0 | 43 | I475T (ATC→ACC) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/19); new base G (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 |
CCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCAACACTTGCCAGG > NC_002947/5601966‑5602258 | ccTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGc > 1:447829/1‑150 (MQ=255) cTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCt > 1:5996/1‑150 (MQ=255) aTTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATg < 1:394395/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGc < 2:605926/150‑1 (MQ=255) tCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTTAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGcc < 1:241997/150‑1 (MQ=255) gCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGAGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCAGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCtt < 2:21682/150‑1 (MQ=255) agaAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGc > 2:370090/1‑150 (MQ=255) aaaCCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTc > 1:666577/1‑150 (MQ=255) cTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCg > 2:90329/1‑150 (MQ=255) cGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGGTCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATc > 1:441266/1‑150 (MQ=255) cGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGGTCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATc > 1:441580/1‑150 (MQ=255) ttCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGccc > 1:6407/1‑150 (MQ=255) tCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTgg < 2:219710/150‑1 (MQ=255) tAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGa < 1:149687/150‑1 (MQ=255) gtcaaaGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACCCTCCTCTCCTTCCGGCTCGACCTGGCCGAGATTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCATGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCcac < 2:506329/147‑1 (MQ=255) gggAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCcac < 2:5996/148‑1 (MQ=255) gcCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGGTCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCaa < 2:441580/150‑1 (MQ=255) gcCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGGTCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCaa < 2:441266/150‑1 (MQ=255) aaaTGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGTACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGccc > 2:540868/1‑150 (MQ=255) tGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGa < 1:540868/150‑1 (MQ=255) cTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCt < 2:302354/53‑1 (MQ=255) cTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCt > 1:302354/1‑53 (MQ=255) cTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGc > 1:120299/1‑150 (MQ=255) tCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCg > 1:254722/1‑150 (MQ=255) ccTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGAcc > 2:745328/1‑116 (MQ=255) ccTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGAcc < 1:745328/116‑1 (MQ=255) ccTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCaa < 2:588242/150‑1 (MQ=255) aCGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGtt > 1:163708/1‑150 (MQ=255) gCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTtga > 2:497274/1‑150 (MQ=255) aCCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTtgatg > 2:405038/1‑150 (MQ=255) ccTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTtgatga < 1:405038/150‑1 (MQ=255) ctctCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGAc < 1:530918/129‑1 (MQ=255) ctctCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGAc > 2:530918/1‑129 (MQ=255) tctcCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACg > 2:706670/1‑150 (MQ=255) ctcCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGc < 2:163708/150‑1 (MQ=255) cTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGACATGCTCCTGCAATGCCCTTACCTCACCGGCATCGTCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCAt > 2:649338/1‑150 (MQ=255) ccGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGTATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACACACCCCTTCAATTGCGCCCAGGCGGCGTCTTCAACGTTAATGACGCCATcag > 1:668884/1‑148 (MQ=255) cGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGc < 1:370090/150‑1 (MQ=255) gCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGt < 1:706670/150‑1 (MQ=255) cTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTa < 2:639529/53‑1 (MQ=255) cTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTa > 1:639529/1‑53 (MQ=255) cTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCAACACTTGc > 2:54948/1‑150 (MQ=255) tGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCCAGTCTTTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCAACACTTGCCa < 1:7893/150‑1 (MQ=255) aTCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCAACACTTGCCAgg < 2:687397/150‑1 (MQ=255) | CCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCAACACTTGCCAGG > NC_002947/5601966‑5602258 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |