Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 274,921 | G→T | 6.9% | Q343K (CAG→AAG) | PP_0222 ← | DszA family monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 274,921 | 0 | G | T | 6.9% | 188.0 / 2.6 | 58 | Q343K (CAG→AAG) | PP_0222 | DszA family monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/29); new base T (2/2); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 |
TTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGCATGTTTGG > NC_002947/274776‑275067 | ttGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgcgc > 2:73407/1‑150 (MQ=255) ttGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgcgc > 1:319519/1‑150 (MQ=255) aaCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTgg < 1:260780/150‑1 (MQ=255) aaCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTgg > 2:260780/1‑150 (MQ=255) aCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGc > 1:148509/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGa > 1:616351/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTgg > 1:184163/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTTGCGCGTGGCTGACTGGAt > 2:493484/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGAt < 2:30701/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCCCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGCTTGCCTGAATg < 2:24100/150‑1 (MQ=255) ggTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGc < 2:616351/150‑1 (MQ=255) aTCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTgg < 2:618951/150‑1 (MQ=255) cgcgATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGaa < 2:616854/150‑1 (MQ=255) aaCTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATg < 1:329911/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTTAAGGCAATggg < 2:184163/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATggg < 2:478558/150‑1 (MQ=255) ccACCTTTTCAGGCGCGCCGACCAGGTTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCa > 2:578021/1‑150 (MQ=255) aCCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTc > 1:588469/1‑146 (MQ=255) aCCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTc < 2:588469/146‑1 (MQ=255) aCCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGt < 1:73407/150‑1 (MQ=255) cTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTc < 2:148509/150‑1 (MQ=255) cTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGAGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTc > 2:499636/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAggcgg > 1:254699/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAggcgg > 1:344291/1‑150 (MQ=255) cgcgcCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAggcggc < 2:319519/150‑1 (MQ=255) gcCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGaa > 2:386334/1‑150 (MQ=255) gcCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGaa > 2:48122/1‑150 (MQ=255) cGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGt < 1:598788/150‑1 (MQ=255) cAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGAt < 1:386334/150‑1 (MQ=255) gTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGa > 2:487350/1‑150 (MQ=255) gccCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGaa < 1:487350/150‑1 (MQ=255) gccCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGaa < 1:742134/150‑1 (MQ=255) ccAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGt > 1:744800/1‑150 (MQ=255) aaGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAACTgc < 2:150725/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTCGCCGACTGGAATCTATGCCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGAcc < 1:578021/150‑1 (MQ=255) gTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGtt < 2:315976/90‑1 (MQ=255) gTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGtt > 1:315976/1‑90 (MQ=255) cAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTc > 2:722065/1‑150 (MQ=255) aGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGAGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGgcg < 2:344461/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTTGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGgcgc > 1:181544/1‑150 (MQ=255) cgcCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTTGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCtg < 2:181544/150‑1 (MQ=255) cgcCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCtg < 2:254699/150‑1 (MQ=255) gTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCa < 1:496522/81‑1 (MQ=255) gTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCa > 2:496522/1‑81 (MQ=255) tCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCa > 2:82345/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTC‑‑AGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAgg > 1:237184/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCa > 1:506313/1‑76 (MQ=255) ggCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCa < 2:506313/76‑1 (MQ=255) gTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTc > 1:456104/1‑150 (MQ=255) gTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTc < 2:456104/150‑1 (MQ=255) ttGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCg > 1:319037/1‑150 (MQ=255) ttGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTC‑‑AGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGc < 2:237184/150‑1 (MQ=255) tGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCgg < 1:308927/150‑1 (MQ=255) cTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGCAt < 1:722065/150‑1 (MQ=255) gCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGCATGtt > 2:703407/1‑150 (MQ=255) cAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGCATGttt > 2:709079/1‑150 (MQ=255) aaCTTGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGCATGTTTg < 1:493484/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGCATGTTTgg < 1:48122/150‑1 (MQ=255) | TTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGACTGGATGGCGTTGCCCTGGTTGAAGGCAATGGGTTGGTCCAGTTCATAGGCGGCGAAGTCGATGCCAGTGGACGCGGCGAAGTGCGCGACCCCCGCTTCGGCGCTGGCGTGGCGCAGGTACTCGGCATGTTTGG > NC_002947/274776‑275067 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |